Jaunuolis Tomas pabunda požemyje ir neatsimena nieko, tik savo vardą. Netrukus jis patenka į neįprastą savo likimo draugų bendruomenę, kurioje vien jauni vaikinai – praradę atmintį ir... įkalinti painiame labirinte. Kiekvieną mėnesį jų gretas papildo po vieną naujoką. Labirinte įkalintų vaikinų tikslas vienas – išgyventi. Rasti išėjimą ir pabėgti. Susipažinęs su labirinto senbuviais Tomas sužino, kad tarp jų yra ir tokių, kurie išėjimo ieško jau antrus metus. Ar kam nors yra pavykę ištrūkti? Kas juos uždarė į šį labirintą ir kokiu tikslu?

Pirmojoje dalyje, mokslininkai painiuose labirintuose it laboratorines žiurkes įkalino kruopščiai atrinktus jaunuolius ir stebėdami jų elgseną bei reakcijas, nagrinėjo intelektą, sumanumą, gebėjimą išgyventi ekstremaliomis sąlygomis ir kitas savybes. Jaunasis Tomas su likimo draugais patekęs į paslaptingą labirintą ir kasdien matęs, kaip žūsta jo naujieji pažįstamai – išgyveno. Jis manė jau ištrūkęs iš daugeliui mirtinais spąstais tapusio labirinto, tačiau vieną dieną paaiškėja, kad tiesa yra visai kitokia. Išgyvenusieji eksperimento dalyviai – vis dar labirinte. Tik šįkart – dar sudėtingesniame ir pavojingesniame. Tomo ir kitų laboratorinėmis žiurkėmis tapusių jaunuolių laukia dar didesnis iššūkis: išaiškinti, ko siekia su jų likimais žaidžianti WCKD organizacija ir išgyventi liepsnojančia dykviete tapusiame naujajame pasaulyje.

Trečioji filmų „Bėgantis labirintu“ dalis užbaigs šią kino trilogiją ir atsakys į visus dar neatsakytus klausimus. Tapę žiauraus eksperimento dalyviais, įveikę mirtingai pavojingus labirintus ir skaudžiai netekę gerų draugų, keletas išlikusiųjų po šio mirtino eksperimento pagaliau suvokia, kad jų kančios dar nesibaigė. Šis mažas draugų būrys turi laikytis išvien ir iki paskutinio atodūsio kovoti už savo gyvybę ir ieškoti pabėgimo. Šįkart Tomui (akt. Dylan O'Brien), siekiant ištrūkti pačiam ir išgelbėti bičiulius, teks įveikti patį sudėtingiausią labirinto etapą. Jaunuoliai tikisi, mirtinais išbandymais nusėtas labirintas savo pabaigoje slepia galybę metų ieškotą išėjimą. Ar jiems pagaliau pavyks ištrūkti iš labirinto? O gal išėjimo išvis nėra?