Ein junger Mann wird halb tot, mit 2 Kugeln im Rücken und totaler Amnesie von Fischern aus dem Mittelmeer gezogen. Die Suche nach seinem Ich und seiner Vergangenheit führt ihn nach Zürich, wo er in einem Schließfach Hinweise auf seine Identität findet. Er ist Jason Bourne und auf der Flucht vor seinem ehemaligen Arbeitgeber, der CIA. Schon haben sich Agenten an seine Versen geheftet um ihn aus dem Weg zu räumen, doch mit Hilfe der Touristin Marie gelingt ihm fürs erste die Flucht...

Jason Bourne und seine Lebensgefährtin Marie leben zurückgezogen in Indien, doch der immer noch unter Amnesie leidende Jason wird jede Nacht von Alpträumen gequält. Als in Berlin zwei Agenten getötet werden, schiebt man ihm die Schuld in die Schuhe. Wieder setzt die CIA Agenten auf Bourne an und er und Marie müssen flüchten. Doch als die CIA-Killer Marie töten dreht Jason den Spieß um...

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.

Jason Bourne war nicht alleine: Tatsächlich war er nur einer von vielen Agenten, die beim Treadstone-Programm zu einer willenlosen Tötungsmaschine umprogrammiert wurden. Zu ihnen gehörte auch Aaron Cross, ein Agent, der als verschwunden galt - bis er, wie Bourne, unvermittelt mit gelöschtem Gedächtnis wieder auftaucht und beginnt, Fragen zu stellen. Das sorgt für Panik bei den Verantwortlichen innerhalb des CIA, denn Aaron Cross ist bekannt dafür, noch viel gefährlicher zu sein als Jason Bourne.

Nachdem Jason Bourne nicht nur sein Gedächtnis, sondern auch seine Freundin verloren hat und einen eigenen Feldzug gegen die ihn jagende CIA antrat, um endlich hinter das Geheimnis seiner Vergangenheit zu gelangen, ist er mithilfe von Nicky Parsons untergetaucht. Doch das Leben eines auf der Flucht lebenden Agenten mit besonders modifizierten Fähigkeiten kann nie lange ruhig bleiben. Denn inzwischen weiß Jason Bourne zwar, wer er ist, aber nicht, was diejenigen, die ihn erschaffen haben, mit ihm vorhatten. Also versucht er – verfolgt von der CIA – die versteckten Wahrheiten in seiner Vergangenheit zu finden.