Ngoài khơi biển Địa Trung Hải, chiếc tàu đánh cá đã cứu được một chàng trai đang trôi vật vờ theo sóng nước, người đầy vết đạn bắn. Anh không biết mình là ai, mình đã làm gì... Manh mối lờ mờ duy nhất là dòng chữ ghi địa chỉ một ngân hàng Thuỵ Sĩ do con chip laser cấy vào người anh phát ra. Sau khi tàu cập bến, anh lên đường lao vào cuộc tìm kiếm lại quá khứ. Liệu anh sẽ tìm ra được những gì trong quá khứ?

2 năm đã trôi qua kể từ ngày chương trình Treadstone đổ bể, Jason Bourne mai danh ẩn tích sống hạnh phúc cùng bạn gái xinh đẹp Marie. Anh chỉ mang máng nhớ mình là một điệp viên CIA. Thỉnh thoảng những hình ảnh kinh hoàng lại hiện về trong trí óc trong phim hay này nhưng Jason không thể hồi tưởng chi tiết cụ thể những gì đã diễn ra... Trên đường phố đông đúc, phát hiện bị theo dõi, một khuôn mặt làm Jason gợi nhớ về dự án Treadstone mà anh từng tham gia. Linh cảm nguy hiểm cận kề, anh cùng Marie tìm đường lẩn trốn. Không may trong cuộc truy sát, bạn gái anh đã vĩnh viễn ra đi, Jason thoát chết nhưng phải lặn biệt tăm. Nuốt nỗi đau vào lòng, tiêu hủy giấy tờ hình ảnh, bay về Châu Âu, anh quyết tâm đi tìm sự thật.

Sau cái chết của Marie, Jason gần như trở nên điên loạn với hàng đống đạn dược và những vũ khí giết người hiện đại. Anh chỉ có một mục tiêu duy nhất là quay trở lại nơi bắt đầu và tìm hiểu về thân phận của mình. Jason phải truy ra quá khứ của mình để tìm ra một tương lai mới cho bản thân. Anh phải đi từ Moscow, Paris, Madrid và London sang Tangier và New York tiếp tục sứ mệnh của mình để tìm ra Jason Bourne "thật". Anh phải cố thoát khỏi sự truy đuổi của cảnh sát và điệp viên của Interpol trong suốt chuyến hành trình gian khổ đó.

Aaron Cross – một người từng tham gia chương trình tuyệt mật của chính phủ. Chương trình đột ngột bị dừng lại tất cả những người tham gia thử nghiệm đều bị giết hại. Aaro Cross may mắn trốn thoát và quyết tâm thoát khỏi sự truy đuổi của CIA… Trong phần này, nội dung không tập trung vào J. Bourne nữa mà đào sâu vào bí mật đằng sau những chương trình mà các phần trước thường xuyên nói tới như Treadstone, Blackbriar.

Bourne 5 là bộ phim hành động do Mỹ sản xuất nội dung vẫn còn nằm trong bí mật khi nhưng chỉ nhắt đến anh chàng Jason Bourn một chàng trai điệp viên được cứu sống ngoài biển khơi nhưng khi tỉnh dậy thì hoàn toàn mất trí nhớ và không biết bản thân mình là ai, anh bắt đầu bước vào cuộc hành trình đi tìm ký ức và gặp vô vạn khó khăn.