Er ist wieder da. Urplötzlich taucht Godzilla aus dem Meer auf und geht in der Bucht von Tokio an Land. Mit allenmöglichen waffentechnischen Tricks versucht man Godzilla aufzuhalten, aber er läßt sich nicht bremsen und zerstört immer weiter was auch immer sich ihm in den Weg stellt. Nachdem alle Versuche, ihn zur Strecke zu bringen, fruchtlos verlaufen sind, setzen die Japaner sogar ihre fliegende Superwaffe "Super-X" ein. Aber selbst die kann gegen das Monster nichts ausrichten. Als man feststellt, daß sich Godzilla an der Flugbahn der Vögel orientiert versucht man ihn mit elektrischen Signalen in einen Vulkan zu locken...

Das gentechnische Meisterstück, pflanzliche Zellen mit jenen des Monsters Godzilla zu kreuzen, ruft ausländische Agenten auf den Plan. Die Tochter des erfolgreichen Wissenschaftlers Shiragami bezahlt deren Überfall mit dem Leben. Der verzweifelte Vater entwickelt aus den Zellen seiner Lieblingsrose und denen des Monsters den Megaklon Biolante. Diese Superpflanze muß auch sogleich gegen Godzilla antreten. Das Monster, geweckt durch Eruptionen im heimischen Vulkankrater und bereits auf dem Weg nach Tokio, muß gestoppt werden. Biolante unterliegt in dem Zweikampf, auch die neue Superwaffe X-2 ist dem Super-Echse nicht gewachsen Erst ein junger Wissenschaftler setzt dem Ungeheuer ein Ende.

Ein UFO landet in Tokio. Die Besucher sind Japaner aus der Zukunft. Sie warnen die Regierung vor einem bevorstehenden Wiedererwachen Godzillas. Mittlerweile weiß man, daß während des zweiten Weltkrieges ein Saurier die japanischen Truppen auf der Insel Ragos vor den US-Gegnern rettete. Dieser Saurier ist mittlerweile zu Godzilla mutiert. Man fliegt zurück in der Zeit, doch man stellt noch mehr Unheil an...

Durch einen Meteoriteneinschlag erwacht Godzilla aus seinem Schlaf. Gleichzeitig wird auf einer Insel ein riesiges Ei gefunden, aus dem Mothra schlüpft. Aber auch Mothras böser Zwilling Battra erwacht aus dem ewigen Eis und so liefern sich die drei Monster einen Kampf, der ganze Städte in Trümmerwüsten verwandelt.

Forscher haben den Sohn von Godzilla gefangen und sie setzen die mechanische Superwaffe Mechagodzilla gegen seinen Vater ein. Mechagodzilla soll Godzilla per Laserkanonen ins Jenseits bringen - kann aber Godzillas zerstörerischen Weg nicht aufhalten.

Eine völlig neue Bedrohung gefährdet die Menschheit: Durch Zufall sind Zellteile von Godzilla in ein schwarzes Loch im Weltall gelandet und mutieren dort zu einem furchtbaren Monster: Spacegodzilla. Der neue Kampfroboter Mogera versucht vergebens, das Grauen aufzuhalten. Inzwischen wird Godzilla durch einen speziellen Sender mit dem telepathisch begabten Mädchen Miki verbunden und kann so von den Menschen kontrolliert werden. Inzwischen plant Spacegodzilla die Menschheit zu vernichten und die Erde für sich einzunehmen. Das gesamte Schicksal der Welt hängt nun an Godzilla, der sich auf die gewaltigste Schlacht der Menschheit gegen das übermächtige, außerirdische Monster vorbereitet.

Die Riesenechse Godzilla wird bei der Zerstörung ihrer Insel immens radioaktiv verstrahlt. Doch das Monster Destroyah wütet in Japan und nur Godzilla kann es mit ihm Aufnehmen und die Menscheit retten.