L'amenaça d'un terrorista de posar un seguit de bombes en una ciutat molt poblada, farà que el famós detectiu adolescent Shinichi Kudo, àlies Conan Edogawa, hagi de fer servir la seva increïble capacitat de deducció per salvar un munt de vides, que ara són a les seves mans. Al costat de la Ran Mouri, la seva companya de classe i encara millor amiga, en Conan posarà fil a l'agulla al cas del professor Moriya, un arquitecte obsessionat amb la simetria.

Un matí, la Ran es desperta esverada per un malson. A ella, i la seva mare l'Eri els hi disparen; la Ran no sap el perquè d'aquest somni fins que recorda que 10 anys abans el seu pare en Kogoro, quan encara estava en el cos de policia, va disparar a l'Eri com a única manera d'arrestar al criminal Joh Murakami. Justament en aquests dies, Joh Murakami ha sortit de la presó després de complir una condemna de 10 anys pels seus crims.

El detectiu Conan finalment ha trobat el que buscava: un lladre misteriós anomenat Kaito Kid. En Conan i el seu amic Heiji, estan decidits a protegir l'últim tresor de la dinastia russa dels Romanov de l'amenaça d'en Kaito Kid: l'ou de la memòria (o també l'ou de Pasqua).

Un subinspector és atacat en presència de la lliga de detectius júnior, inclòs en Conan. Això serà només el principi d'una sèrie d'homicidis terribles contra agents de policia. Pot tractar-se d'una colla de terroristes despietats com els extremistes radicals?

En Conan s'enfrontarà aquest cop cara a cara amb l'organització dels homes de negre, la causant del seu estat actual. A la ciutat de Nishitamashi s'inaugurarà un edifici amb forma de torres bessones, amb 75 plantes d'alt que fan que des del terra sembli que han d'arribar al cel. En Conan i la resta de nens van fins a l'últim pis per veure la meravellosa vista de la ciutat. Però alguna cosa va malament.

En Conan, els seus amics i la Ran es troben resolent un cas a Londres (Anglaterra) al segle XIX, és a dir, als temps de Sherlock Holmes, i en el marc de la reaparició d'un assassí en sèrie britànic: Jack l'esbudellador. Això és possible perquè en realitat la trama del llargmetratge es desenvolupa dins del millor joc de realitat virtual que es coneix al món (anomenat Cocoon), en el qual juguen 50 nens i nenes i han de triar entre 5 escenaris possibles. El misteri espera a en Conan i als altres, els que volen escapar-se del joc resolent els desafiaments que se'ls presenten, ja que si no ho aconsegueixen, el joc podria donar-se per acabat amb ells quedant-se allà per sempre. Han d'atrapar a l'assassí en sèrie sense ser vistos per la policia.

La pel·lícula tracta d'un camí maleït d'unes ruïnes i uns monjos molt estranys. Es cometen 5 assassinats a Tòquio, Osaka i Kioto. En Kogoro Mouri és contractat per investigar en un temple de Kioto i hi va amb la Ran, la Sonoko i en Conan.

Una famosa actriu demana ajuda a en Kogoro Mouri per atrapar en Kaito Kid, ja que ha rebut una carta amenaçadora dient que robaria la joia del destí. L'aventura passarà en un vol amb avió de Tòquio a Hakodate, en el qual hi haurà diversos morts.

Fa 15 anys, el vaixell de càrrega "Yashiromaru" es va enfonsar al nord de l'Oceà Atlàntic després de xocar contra un iceberg. Ara en Conan, Ran, Sonoko, Kogoro, Agasa i els nens són convidats en un creuer per l'oceà Pacífic. Tot va bé fins que una sèrie d'assassinats i una explosió, provocada pel mateix assassí, obliguen a evacuar-los del vaixell amb els bots salvavides. Però en Conan quan esta a punt de pujar té una estranya sensació, la Ran ha desaparegut i es troba en algun racó de l'immens vaixell.

En Kogoro és contractat per un home misteriós en un parc d'atraccions perquè investigui un cas, però si no ho aconsegueix en 12 hores la Ran i la lliga de detectius júnior moriran. El client és molt astut i ni tan sols li ha dit quin cas vol que investigui, només li va donant breus pistes per telèfon. Sorprenentment el client també li demana a en Conan que participi en la investigació i ajudi a en Kogoro. Quan més endavant el criminal truca al mòbil i l'agafa en Conan, el client li pregunta: "Ets en Kogoro Mouri o potser en Shinichi Kudo?". Aconseguiran resoldre l'enigma i salvar la Ran i els altres abans que el temps limit s'acabi?

En Conan i la lliga de detectius júnior viatgen a una illa amb en Kogoro, la Ran, la Sonoko i el Dr. Agasa. Aquesta illa és famosa per la història de dues dones pirates i el seu tresor amagat fa 300 anys. El cap de l'oficina de turisme de l'illa convida als nens a resoldre un joc d'enigmes per trobar el tresor amagat de les pirates, mentrestant la Ran i la Sonoko aprofiten per aprendre a bussejar, durant una immersió són testimonis d'un "accident" en què un tauró ataca un submarinista. Pot ser que les dues pirates tinguin alguna cosa en comú amb la Ran i la Sonoko? Es veuran involucrades en un problema i en Conan mirarà de salvar-les.

La història comença en una sala de música on una dona està observant a dos homes durant una pràctica. Ella envia un missatge amb el seu telèfon mòbil i just després hi ha una explosió. Altres músics són assassinats i el culpable deixa al costat de les seves víctimes les parts d'una flauta (peu, cos i cap). Es descobreix que totes les víctimes eren membres de la mateixa acadèmia musical. En Conan i els altres coneixen a la famosa soprano Reiko Akiba, qui és assetjada per algú, i se sospita que pot ser la mateixa persona que va assassinar als altres musics. Durant el concert succeeixen un seguit de sobtades i enormes explosions, però a dins ningú se n'ha adonat de res.

Un home mor a causa d'un accident de trànsit però deixa un missatge abans de morir: "Tanabata kyo" i una misteriosa fitxa de Mahjong que el vincula amb sis casos d'homicidi arreu del Japó. A causa d'això, la policia celebra una conferència de prefectures sobre el cas. En acabat, en Conan veu que un del policies entra en un Porsche negre. El dia del Tanabata, en Conan arracona la Vermut a l'aparcament d'un centre comercial i li diu que l'Organització necessita trobar una targeta de memòria i qui s'encarrega de fer-ho és un nou membre, l'"Irish". A més sembla que aquest nou membre ha descobert l'autèntica identitat d'en Conan.

Un grup terrorista anomenat Els Gats Siamesos Vermells, assalta l'Institut Nacional de Microbiologia de Tòquio i anuncien a través d'internet que han robat un bacteri mortal i que tenen la intenció d'alliberar-lo. En Conan i els altres són convidats per l'oncle de la Sonoko, en Jirokichi Suzuki, a viatjar en el vol de prova del dirigible més gran del món per a ser testimonis d'un nou duel amb en Kaito Kid. Però durant el viatge el dirigible és assaltat pel grup terrorista que, junt amb el bacteri, posa diverses bombes i amenaça la vida dels passatgers i la de tot Osaka. Podrà en Conanevitar que s'alliberi el bacteri i detenir els terroristes?

El governador de Tòquio rep una carta amb amenaces el dia abans de la inauguració d'una nova línia de metro. Durant la cerimònia, en Conan descobreix que han col·locat explosius al túnel i n'informa la policia per a que aturin el tren. Investigant la història política del governador, s'assabenta que va aconseguir convèncer a la gent del poble de Kitanosawa per reubicar-lo i així poder construir una presa. El poble prepara una festa per celebrar l'aniversari de la reubicació del nou poble, on hi està convidat el governador, i en Conan creu que l'atacant podria trobar-se allà.

La Lliga de Detectius Júnior assisteix a un acte promocional de la J. League perquè els nens aprenguin a jugar a futbol junt amb jugadors professionals. L'endemà, mentre que els nens van a veure un partit de futbol a l'estadi Touto, en Kogoro Mori rep una trucada d'un home que l'adverteix que ha posat una bomba i que per trobar-la haurà de resoldre un enigma. La Ran avisarà a en Shinichi sobre l'enigma i en Conan descobrirà que les bombes estan col·locades al videomarcador de l'estadi Touto. Malauradament, no hi ha prou temps per desactivar totes les bombes i en Conan idearà un pla per evitar que el videomarcador caigui sobre els espectadors.

La Ran guanya un sorteig per assistir a unes maniobres d'un destructor Aegis de l'armada japonesa, on en Conan i els altres l'acompanyen. Durant les maniobres, apareix sobtadament un objectiu desconegut i el vaixell es posa en alerta roja. Un cop resolta l'amenaça, descobreixen que el filtre del sistema de drenatge ha absorbit un braç esquerre. Si això no fos poc, es descobreix que un espia, que anomenen X, s'ha infiltrat per robar informació confidencial. En Conan demanarà ajuda a en Heiji i al Dr. Agasa per descobrir l'autèntica identitat de l'espia però el misteri va molt més enllà del que es poden imaginar...

Durant la preinauguració de la torre Bell Tree una bala travessa el vidre del mirador on es troba en Conan i mata un home. En Conan, la Sera Masumi i l'FBI l'intenten aturar però escapa. La investigació descobrirà que es tracta d'un exsoldat del Navy SEALs anomenat Timothy Hunter que busca venjança per haver-li pres l'Estrella de Plata En Conan haurà de descobrir el significat del missatge que el franctirador deixa després de cada tiroteig: un dau i un casquet de bala.

En una casa de subhastes exclusiva de Nova York surten a subhasta els Gira-sols de Van Gogh que es creia que s'havien cremat durant la 2a Guerra Mundial. L'obra mestra es ven per 300 milions al conseller del Consorci Financer Suzuki i oncle de la Sonoko, en Jirokichi Suzuki. A la roda de premsa de després de la subhasta, mentre fan pública la intenció d'exhibir els 7 Gira-sols de Van Gogh en una exposició al Japó apareix en Kaito Kid per a declarar obertament la intenció de robar-los.

Una nit, un espia s'infiltra a la policia japonesa. Alguns arxius secrets del MI6 d?Anglaterra, del BDN d'Alemanya, de la CIA dels Estats Units i fins i tot del FBI estan a punt de ser robats. Però llavors arriven els oficials de seguretat pública liderats per Amuro.

El detectiu Conan investiga l'autoria d'una sèrie d'atemptats terroristes que agiten Tòquio. Alhora, apareix a escena una misteriosa dona anomenada Momiji que afirma ser la xicota de Heiji Hattori, amic d'en Conan. El petit detectiu sospita que els dos fets poden estar relacionats.

El detectiu Conan ha d’investigar una explosió que té lloc el dia de la inauguració d’un gran complex turístic a Tòquio... Una nova pel·lícula de la saga.

La Ran Mouri i la seva amiga, Sonoko, viatgen a Singapur per animar Makoto Kyogoku, el karateka de les 400 victòries i cap derrota, que participa en un prestigiós torneig d'arts marcials. En Conan no hi pot anar, perquè no pot sortir del país. Tot i així, en Kaito Kid, el lladre professional, el segresta, perquè vol esbrinar el secret d'un tresor llegendari.

Un incident estrany té lloc a una festa i rapten els directors executius més importants d’una companyia de transport. Tot just ara fa quinze anys es van produir uns raptes similars. Que hi tenen relació?

La història gira entorn de les noces dels Detectius Sato i Takagi, la qual es veu interrompuda per un assalt del qual acaba emportant-se el pitjor aquest últim. Mentrestant, es produeix una fugida de presó en la qual està involucrant el perpetrador d'un atemptat, i Rei Furuya es creua amb una misteriosa persona disfressada que acaba posant-li un collaret explosiu. A mesura que en Conan i els seus comencen a investigar tots els fets, es converteixen en l'objectiu d'un grup molt peculiar...

Un grup d’enginyers de diversos països es reuneix a l'illa de Hachijo-jima, al Japó, per seguir en directe la posada en marxa d’un nou sistema de seguretat que connecta els dispositius de càmeres policials d’arreu del món i fa possible el reconeixement facial. Mentrestant, Conan i la seva colla visiten la mateixa illa per observar balenes.

La història té lloc la ciutat portuària de Hakodate. Al tast visual, en Heiji Hattori i la Kazuha Toyama es miren fixament amb les galtes enrojolades. A sobre hi ha el rival mortal d'en Heiji, en Kid el lladre, que té una història amb en Conan, somrient sense por.