โคนัน รัน และนักสืบโคโกโร่ได้รับเชิญเข้าร่วมงานปาร์ตี้ของสถาปนิกชื่อดัง โมริยะ เทจิ ผู้คลั่งไคล้สถาปัตยกรรมแบบอังกฤษ และชื่นชอบการถอดรหัสคำ หลังจากนั้นโคนันก็ได้รับโทรศัพท์ปริศนาจากชายลึกลับที่ขู่วางระเบิดตามสถานที่ต่างๆ โดยเฉพาะขบวนการรถไฟสายโตโตะซึ่งถูกวางระเบิดถึง 5 ลูก โดยระเบิดจะทำงานเมื่อพระอาทิตย์ลับขอบฟ้า โฉมหน้าของชายลึกลับผู้นี้คือใคร ก่อวินาศกรรมด้วยวัตถุประสงค์ใด โคนันและเพื่อนจะแก้ไขวิกฤติการณ์นี้ได้อย่างไร

เกิดเหตุระทึกขวัญขึ้นเมื่อบุคคลใกล้ตัวกับโมริ โคโกโร่ถูกลอบทำร้าย ซึ่งบุคคลเหล่านั้นล้วนมีความเกี่ยวข้องกับสัญลักษณ์และตัวเลขบนไพ่ทั้งสิ้น โคโกโร่จึงต้องคุ้มครองเหล่าคนที่รักพร้อมพวกโคนัน แต่กลับถูกเล่นงานกลางทะเล งานนี้เหล่านักสืบจึงต้องหนีตายและตามจับคนร้ายไปพร้อมๆกัน

โมริ โคโกโร่และพวกโคนันต้องเดินทางไปยังโอซาก้าเพื่อปกป้อง ‘อิมพีเรียล อีสเตอร์’ สมบัติล้ำค่าของกษัตริย์รัสเซียที่กำลังจะถูกขโมยโดยจอมโจรคิด ทว่าของล้ำค่านั้นกลับค่อยๆ เผยความลับที่น่าอัศจรรย์ขึ้น นำไปสู่การผจญภัยสุดตื่นเต้นและการต่อสู่สุดเร้าใจ

คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่ชีวิตนายตำรวจมากมายใช้เป็นเครื่องสังเวย และชะตากรรมของ โมริ รัน ก็กำลังไปสู่ความน่ากลัวนั้น "NEED NOT TO KNOW...ไม่จำเป็นต้องรู้" ในงานอวยพรการแต่งงานของน้องสาวสารวัตรชิราโทริ ได้เกิดการลอบสังหารหมวดซาโต้ขึ้นต่อหน้ารัน ทำให้รันช็อคและความจำเสื่อม คนร้ายรู้ว่ารันเห็นหน้าเขาจึงต้องฆ่าปิดปาก โคนันจึงเข้ามาช่วยฟื้นความจำรัน และปกป้องรันจากเงื้อมมือฆาตกร

ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ โอกิ อิวามัตสึ คิซารางิ โฮซุย ฮาระ โยชิอากิ คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่า ไฮบาระโทรไปหาใคร แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน

‘เกมโคคูน’ ซึ่งมีแต่ผู้ที่ถูกเลือกเท่านั้นที่จะสามารถเล่นได้ กลับกลาย

มาเป็นเกมมรณะเมื่อเกิดการฆาตกรรมขึ้นในงานเปิดตัวเกม โคนัน

และผองเพื่อนจะต้องเล่นเกมสุดโหดเพื่อจับฆาตกรให้ได้ ไม่อย่างนั้น

ทุกคนจะตายและไม่สามารถกลับมาในโลกความจริงได้อีก

เกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องซึ่งผู้ตายทั้งหมดมีหนังสือ กิเคคิ ไว้ครอบครอง หนึ่งฆาตกรในกลุ่มโจรได้ขโมยพระเก็นจิโบตารุทิ้งปริศนาเพื่อใช้ค้นหาพระพุทธรูปซึ่งหายไปเมื่อหลายปีก่อน ทำให้โคนันต้องมาคลี่คลายคดีนี้ขณะที่ ฮัตโตริ นักสืบโอซาก้า ก็มาร่วมงานด้วยเพราะต้องการที่จะมาหาหญิงสาวที่เป็นที่รักแรกฮัตโตริคิดว่าเธอคือเจ้าของอัญมณีสีขาวที่เป็นเป้าหมายของฆาตกร

ระหว่างการเดินทางของโคนันกับวงแหวนแห่งโชคชะตา เที่ยวบินระหว่างทางไปฮาโกดาเตะก็พบกับชะตากรรมอันน่าเศร้า นักบินถูกช็อกโกแลตวางยาพิษสาหัส ส่งผลให้เครื่องบินเสียชีวิตอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ แม้ว่าจะพยายามทุกวิถีทางในการลงจอดเครื่องบินอย่างปลอดภัย แต่สภาพของนักบินก็ทำให้พวกเขาไม่สามารถลงจอดได้

การกระทำของโคนันเพื่อช่วยเหลือผู้โดยสารบนเที่ยวบินนั้นไม่แน่นอน ในขณะเดียวกัน โจรก็ครุ่นคิดถึงว่าเขาจะขโมยแหวนแห่งโชคชะตาไปได้สำเร็จหรือไม่ การปะทะกันที่ใกล้จะเกิดขึ้นระหว่างโคแนนกับหัวขโมยสร้างภาระหนักใจให้กับฝ่ายหลัง โจรอดไม่ได้ที่จะสงสัยว่าผลลัพธ์สุดท้ายของการเผชิญหน้าครั้งนี้จะเป็นอย่างไร

โคนัน รันและลุงโคโกโร่ได้รับคำเชิญจากซึซึกิ โซโนโกะให้ร่วมเดินทาง

บนเรือสำราญหรู ทว่ากลับมีคดีฆาตกรรมเกิดขึ้นและยังมีการวางระเบิด

อีกต่างหาก การต่อสู้โดยมีชีวิตผู้โดยสารกว่า 600 คนเป็นเดิมพันจึงเริ่ม

เปิดฉากขึ้น!

การรวมตัวครั้งใหญ่ของเหล่านักสืบกับ 12 ชั่วโมงแห่งความตาย เมื่อ

นักสืบชื่อดังทั้งหลายถูกจ้างให้ไปไขคดีที่สวนสนุกมิราเคิลแลนด์ ทว่า

ค่าจ้างในครั้งนี้กลับเป็นความเป็นความตายของรันและเหล่าขบวนการ

นักสืบจิ๋วเยาวชน เหล่านักสืบจะต้องช่วยกันไขคดีเพื่อหยุดยั้งให้ได้

พวกโคนันมาพักร้อนกันที่เกาะ ‘โคอุมิ’ ซึ่งกล่าวกันว่ามีพระราชวังใต้ทะเล

หรือตำนานแห่งขุมทรัพย์โจรสลัดซุกซ่อนอยู่ใต้มหาสมุทร พวกเขาได้พบกับ

เหล่านักล่าสมบัติ แต่กลับเกิดคดีปริศนาขึ้น งานนี้โคนันจึงร่วมมือกับ

ไฮบาระ ไอเพื่อสืบหาความจริงในกลุ่มนักล่า

เหตุการณ์ในตอนนี้เริ่มขึ้นที่คดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่จ้องเล่นงานเฉพาะนักดนตรี และเหยื่อเคราะห์ร้ายในคดีนี้ก็ล้วนแต่เคยเรียนในสถาบันดนตรีของอดีตนักเปียโนชื่อดังคนหนึ่งทั้งนั้น ระหว่างนั้นพวกโคนันได้รับเชิญไปในงานคอนเสิร์ตเปิดมิวสิคฮอลล์ ซึ่งสร้างขึ้นโดยนักเปียโนคนนั้น จุดเด่นของงานคอนเสิร์ตครั้งนี้ก็คือ "ไปป์ออร์แกน" ที่มีประวัติอันยาวนาน, ไวโอลิน "สตราดิวาเรียส" ที่มีชื่อเสียงระดับโลก และเสียงของนักร้องโอเปราผู้มีพรสวรรค์ แต่เบื้องหลังงานคอนเสิร์ตนี้ดูมีเรื่องเคลือบแคลงน่าสงสัยหลายอย่าง เมื่อถึงวันงานจู่ๆก็เกิดเหตุระเบิดขึ้นอย่างไม่คาดฝัน มุมหนึ่งของมิวสิกฮอลล์กลายเป็นทะเลเพลิงไปในพริบตา นักร้องนำอากิบะ เรย์โกะถูกปองร้าย และนำไปสู่อันตรายที่เกิดขึ้นกับโคนัน

โมริ โคโกโร่ได้รับเชิญให้ร่วมสืบคดีฆาตกรรมต่อเนื่องที่เกิดขึ้นกับผู้

เคราะห์ร้าย 6 รายตามจังหวัดต่างๆ แต่เมื่อโคโกโร่กำลังประชุมเรื่องคดี

อยู่นั้น โคนันกลับเห็นนายตำรวจคนหนึ่งขึ้นรถของ ‘ยิน’ หนึ่งในองค์กร-

ชายชุดดำไป! งานนี้โคนันจึงต้องไขคดีที่อาจสาวไปถึงตัวเหล่าชายชุดดำ

ให้จงได้

สึซึกิ จิโรคิจิเชิญชวนโคนัน กลุ่มนักสืบหนุ่ม และคนอื่นๆ ให้ไปเยี่ยมชมเรือเหาะเบสทรี เรือเหาะลำนี้ซึ่งใหญ่ที่สุดในโลก ตั้งอยู่เหนือเมืองโอซาก้า และทัวร์นี้ใช้เวลาประมาณแปดชั่วโมง เลดี้ออฟเดอะสกายซึ่งเป็นอัญมณีล้ำค่าก็อยู่บนเรือเหาะเช่นกันและเป็นเป้าหมายของหัวขโมยที่ฉาวโฉ่ ที่เลวร้ายยิ่งกว่านั้น กลุ่มผู้ก่อการร้ายแมวสยามแดงก็มีแผนที่จะยึดเรือเหาะลำนี้เพื่อวัตถุประสงค์ของตนเอง ตัวตนของผู้กระทำผิดยังคงเป็นปริศนา และมันก็ขึ้นอยู่กับโคนันที่จะคลี่คลายคดีและเปิดเผยตัวตนของผู้กระทำความผิด ไม่ว่าจะเป็นผู้ลักพาตัวหรือแมวสยามแดง

โคนัน รันและเหล่าขบวนการนักสืบเยาวชนเดินทางไปยังเมืองหุบเขาหิมะ

ในวันเดียวกันนั้นได้เกิดเหตุระเบิดที่รถไฟใต้ดินซึ่งผู้ว่าโตเกียวโดยสาร

อยู่ด้วย! เหตุการณ์ในครั้งนี้เกี่ยวข้องกับคดีปริศนาที่เคยเกิดขึ้นเมื่อ 8 ปีก่อนที่เมืองหิมะแห่งนี้ โคนันจะต้องไขคดีและตามหาคนร้ายให้พบ

โดยที่มีเวลาในการไขปริศนาเพียง 15 นาทีเท่านั้นก่อนที่ระเบิดจะทำงาน!

เกิดเหตุการณ์วางระเบิด ณ สนามฟุตบอลในการแข่งขันระหว่างทีมโตเกียวสปิริตส์และบิ๊กโอซาก้า ขณะเดียวกับที่สำนักงานนักสืบโมริได้รับโทรศัพท์ขู่วางระเบิดและ

รหัสลับ โคนันจะต้องใช้รหัสปริศนาเหล่านั้นเพื่อไขคดีและหยุดยั้ง

ระเบิดให้ได้

The movie is set on a state-of-the art Aegis vessel with the full cooperation of Japan's real-life Ministry of Defense and Maritime Self-Defense Force. The corpse of a Self-Defense Force member has been found — minus the left arm — and a spy has infiltrated the Aegis vessel. The heroine Ran is put in jeopardy, and Conan is forced to stand up against the dangerous Spy "X."

ขณะที่พวกโคนันกำลังชมวิวบนตึกเบลทรีทาวเวอร์ ก็ได้มีกระสุนปริศนาพุ่งเข้าใส่ร่างชายคนหนึ่ง และจุดที่คนร้ายยิงในทุกคดี ก็มีลูกเต๋าปริศนาพร้อมปลอกกระสุนที่คนร้ายทิ้งปริศนาเอาไว้ ซึ่งผู้ต้องสงสัยอันดับหนึ่งคือ อดีตพลซุ่มยิงของหน่วยซีล แต่ทว่าคดีนี้ไม่ได้ง่ายอย่างที่คิดอีกต่อไป เมื่อผู้ต้องสงสัยถูกสไนเปอร์อีกคนยิงตาย ประชาชนทั่วญี่ปุ่นกลัวว่าจะเป็นการยิงไม่เลือกหน้า จึงปั่นป่วนไปกันทั่วญี่ปุ่น ดังนั้นกรมตำรวจทั่วญี่ปุ่นและเอฟบีไอ จึงได้ร่วมมือกันสอบสวนคดีฆาตกรรมต่อเนื่องในครั้งนี้ ระหว่างที่โคนันสืบสวนก็ไปสะดุดตาคนร้ายเข้าจึงถูกลอบยิง แต่เซระก็กระโดดไปรับกระสุนแทนจนได้รับบาดเจ็บ ถือว่าดีที่ เซระ ไม่เสียชีวิต

‘ซึซึกิ จิโรคิจิ’ (ลุงของโซโนโกะ) ชนะการประมูลผลงานเลื่องชื่อของ ‘แวนโก๊ะ’ เป็นภาพวาดดอกทานตะวันที่เคยมอดไหม้ไปพร้อมไฟสงครามที่ญี่ปุ่น ต่อมา ‘ซึซึกิ’ ได้ประกาศผ่านโทรทัศน์ว่ามีการจัดนิทรรศการภาพวาดโดยจะนำมาจัดแสดงภาพวาดอกทานตะวันนี้ถึง 7 ภาพ นับเป็นครั้งแรกของโลก ภายในหอศิลป์ ‘เรย์คล็อก’ ที่มีระบบรักษาความปลอดภัยสูง แล้วได้เรียกตัวผู้คุ้มกันระดับหัวกะทิที่ถูกขนานนามว่า ‘กลุ่มซามูไรทั้ง 7’ ให้มาดูแลหนึ่งในนั้นมี ‘โมริ โคโกโร่’ ด้วย ทว่าระหว่างการเตรียมงานนิทรรศการมีการขนภาพวาดดอกทานตะวันทางอากาศจากนิวยอร์กมายังญี่ปุ่น ‘จอมโจรคิด’ ได้กระทำการอุกอาจจนเกือบทำให้ผู้โดยสารถึงแก่ชีวิต มีคนพบเห็น คุโด้ ชินอิจิ ในงาน และเกิดความวุ่นวายเพิ่มขึ้นทุกขณะ แต่การแสดงภาพยังคงเดินหน้าต่อไป ปมปริศนาที่ก่อตัวขึ้นล้วนทำให้ ‘โคนัน’ กังขาถึงความจริงว่า ใครกัน!? คือผู้ชักใยอยู่เบื้องหลังภาพวาดดอกทานตะวันนี้ หากโคนันไม่สามารถไขคดีได้นั่นนั่นหมายถึงประวัติศาสตร์โลกต้องถูกเปลี่ยนหน้าไปตลอดกาล

ในค่ำคืนที่มีดสนิทสายลับขององค์กรชุดดำได้เข้ามาขโมยรายชื่อสายลับของตำรวจที่แฝงเข้าไปในองค์กร เธอต้องหลบหนีจากการตามล่าของโทรุ อามุโร่ และอากาอิ ชูอิจิ ระหว่างที่หลบหนีรถที่ธอขับได้พลิกคว่ำตกลงไปในทะเล หลังจากนั้นสายลับของตำรวจก็ค่อย ๆ ถูกกำจัดไปทีละคน ในวันถัดมาโคนัน และเพื่อน ๆ ได้ไปเที่ยวพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ที่นั่นเองโคนันได้เจอกับหญิงสาวที่บาดเจ็บอยู่ แถมยังความจำเสื่อม และมีจุดเด่นคือตา 2 สีอีกด้วย โคนันจึงได้ช่วยหญิงสาวคนนั้นในการเรียกความทรงจำกลับคืนมา ในขณะนั้นเองพวกโคนันก็ถูกเบลม็อทจับตาดูอยู่ หรือว่าแท้จริงแล้วหญิงสาวคนนี้จะเป็นพวกชายชุดดำ จุดประสงค์ของเธอนั้นคืออะไร ชายชุดดำจะถูกเปิดโปงหรือ โคนันจะถูกไล่ลำกันแน่ ความมืดมิดจะเข้าสิงสู่ฝ่ายใดกัน!!??

เรื่องราวที่เกิดขึ้นที่สถานีโทรทัศน์นิชิอุริมีการเกิดระเบิดขึ้นทันควัน ระหว่างการรายงานข่าวการประลองเกมไพ่กลอนประเทศญี่ปุ่น “ซัทสึกิคัพ” ด้านในตึกที่เต็มไปด้วยความระส่ำระสาย ฮัตโตริ เฮย์จิ ยอดสายลับทิศตะวันออก รวมทั้ง โทยามะ ค้างสึฮะ เพื่อนฝูงยุคเด็กของเขาก็อยู่ในสถานที่ที่นี้ด้วย แม้กระนั้นได้ โคนัน เข้าไปช่วยออกมาได้อย่างเฉียดฉิว ดูราวกับว่าคดีนี้จะเป็นฝีมือของผู้ก่อให้เกิดเหตุการณ์ร้ายแรง แต่ทว่าก็ยังไม่มีผู้ใดทราบถึงแรงบันดาลใจของผู้ร้าย เวลาเดียวกันโคนันรวมทั้งเฮย์จิต่างก็รู้สึกแปลกๆถึงคำแถลงข่าวสารคดีระเบิดที่ฟังมองไร้เหตุผล ช่วงเวลาเดียวกันพวกโคนันได้เจอกับ โอโอกะ โมไม่จิ สตรีที่อ้างตัวว่าเป็นเป็นคู่หมั่นของเฮย์จิ เนื่องจากว่าคุณเป็นแชมป์การแข่งขันชิงชัยเกมไพ่กลอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย คุณก็เลยถูกเรียกว่าเป็นราชินีที่แวดวงชิงชัยเกมค้างรุตะ ในเวลาถัดมาหนึ่งในผู้ชนะเลิศซัตสึกิคัพได้ถูกฆาตเกลื่อนกลาดรรมข้างในบ้านสไตล์ประเทศญี่ปุ่นในเมืองอาราชิยามะที่จังหวัดเกียวโต และก็กล้องวงจรปิดก็ถ่ายติดโมไม่จิซึ่งอยู่ในสถานที่เกิดเหตุอีกด้วย

สถานที่ที่ใช้ในการจัดงานประชุม Tokyo Summit คือ สิ่งก่อสร้างแห่งไหม่ในอ่าวโตเกียว ที่มีชื่อว่า "Edge of Ocean" กลับเกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่! มีคนเห็นเงาของ อามุโร่ โทรุ สังกัดองค์กรลับของกรมตำรวจ "ZERO" โคนันอดสงสัยในการกระทำปริศนาของอามุโร่ที่เคลื่อนไหวอย่างลับ ๆ ไม่ได้

ลายนิ้วมือถูกทิ้งไว้เป็นหลักฐานในที่เกิดเหตุบ่งชี้ได้ว่า คนร้ายคือ โมริ โคโกโร่ ผู้เคยมีชื่ออยู่ในกรมตำรวจ แต่ได้เกิดเหตุก่อการร้ายปริศนาพร้อมกันหลายจุดในตัวเมืองโตเกียว โคนัน และตำรวจรักษาความมั่นคงสืบจนได้รู้ว่าวันเปิดการประชุม Summit เป็นวันเดียวกับที่ยานสำรวจไร้มนุษย์ขนาดใหญ่ "หงส์ขาว" เสร็จสิ้นจากภารกิจที่ดาวอังคารและเดินทางกลับสู่โลก

สุดท้ายแล้วจะมีอะไรเกิดขึ้นในวัน X Day ที่กำลังใกล้เข้ามากันนะ? แล้วอามุโร่ โทรุ ผู้เต็มไปด้วยปริศนา เป็นมิตรหรือศัตรูกันแน่?

"กำปั้นสีน้ำเงิน" บลูแซฟไฟร์ขนาดใหญ่ที่สุดในโลกซึ่งจมอยู่ในทะเลแถบสิงคโปร์พร้อมกับเรือโจรสลัดในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 ได้ถูกมหาเศรษฐีท้องถิ่นเก็บกู้ขึ้นมา และนำมาอวดโฉมต่อหน้าสาธารณชน แต่กลับเกิดคดีฆาตกรรมขึ้นที่มารีน่าเบย์แซนด์ส โดยในที่เกิดเหตุนั้นมีสาส์นเตือนของจอมโจรคิดที่เปื้อนเลือดตกอยู่... ขณะเดียวกัน รันกับโซโนโกะก็เดินทางมาชมการแข่งขันคาราเต้ที่จัดขึ้นที่สิงคโปร์พอดี ส่วนโคนันเดินทางออกนอกประเทศไม่ได้เนื่องจากไม่มีพาสปอร์ต จึงต้องอยู่เฝ้าบ้าน แต่จอมโจรคิดต้องการใช้ประโยชน์จากโคนัน จึงใช้มายากลหลอกล่อพาตัวโคนันมายังสิงคโปร์ แถมยังจับเขาแปลงโฉมใหม่พร้อมกับยึดแว่นตา นาฬิกาข้อมือ และเสื้อผ้าไปหมดอีกด้วย หากไม่ยอมทำตามที่คิดบอก โคนันก็จะไม่สามารถกลับญี่ปุ่นได้ เมื่อถูกรันถามชื่อโดยที่ดูไม่ออกว่าคนที่เธอถามเป็นใคร โคนันจึงโมเมตอบไปว่าชื่ออาเธอร์ ฮิราอิ (!?)

เมื่อโคนัน และ ”ชูอิจิ อากากิ” ได้รู้ว่าอดีตเจ้าหน้าที่ FBI “อลัน แม็คเคนซี่” ที่ตอนนี้ได้กลายมาเป็นประธานของ WSG จะทำการขึ้นรถไฟขบวนปฐมฤกษ์ ทั้งสองจึงทำการติดตามไปไขข้อสงสัย ในขณะที่น้องสาวของอากาอิ “มาสึมิ เซระ” และแม่ของอากาอิ “แมรี่ เซระ” ก็ได้ทำการติดตามสืบคดีนี้อยู่เช่นเดียวกัน แต่ที่น่าสนใจไปมากกว่านั้น ก็คือการที่น้องชายของอากาอิ “ชูคิจิ ฮาเนดะ” นักเล่นหมากรุกมืออาชีพก็กำลังจะเดินทางจากนาโกย่าไปยังโตเกียว ซึ่งเป็นจุดเริ่มของขบวนรถไฟขบวนนี้เช่นเดียวกัน

เมื่อชิบูย่า กรุงโตเกียว ที่กำลังคึกคักในช่วงเทศกาลฮาโลวีน งานแต่งงานที่กำลังจะจัดขึ้นที่ ชิบุยะ ฮิคาริเอะ โดยที่มิวาโกะ ซาโต้ ที่อยู่ในชุดแต่งงาน ขณะที่โคนันและแขกรับเชิญคนอื่น ๆ จู่ ๆ ผู้ก่อการร้ายกลุ่มหนึ่งก็บุกเข้ามา และวาตารุ ทาคางิ ซึ่งพยายามปกป้องซาโต้ เจ้าสาวของเขา จนได้รับบาดเจ็บจากเหตุการณ์นี้ !!! และทุกอย่างดันเชื่อมโยงไปกับมือวางระเบิดที่ได้หลบหนีออกจากเรือนจำ นี่เป็นเรื่องบังเอิญจริง ๆ เหรอ?

แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกจินฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย ?แปซิฟิกบูย? แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร... เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ? เมื่อกล่องดำที่ไม่ควรแตะต้องเปิดออก อดีตที่ถูกผนึกไว้ก็ลอยขึ้นมาบนผิวน้ำ

ในเมืองฮาโกะดาเตะ, ฮอกไกโด จอมโจรคิดได้ส่งสารเพื่อประกาศการปล้นอีกครั้ง โดยเป้าหมายคือดาบญี่ปุ่นที่เกี่ยวข้องกับนักรบในอดีต โทชิโซ ฮิจิกาตะ รองหัวหน้ากลุ่มชินเซ็นกุมิ ขณะเดียวกัน โคนัน และเพื่อน ๆ รวมทั้ง ฮัตโตริ เฮย์จิ ยอดนักสืบฝั่งตะวันตก ก็อยู่ที่เมืองฮาโกะดาเตะ เพื่อเข้าชมการแข่งขันเคนโด้ ต้องเผชิญหน้ากับสถานการณ์การปล้นเหนือเมฆครั้งใหม่ เหตุใดจอมโจรคิดถึงได้สนใจดาบเก่าแก่เล่มนี้กันนะ ปริศนามากมายถาโถมเข้ามาอีกครั้ง ความลับของดาบเล่มนี้คืออะไรกันแน่ ร่วมไขคดีที่มีฉากหลังเป็นทิวทัศน์ระดับร้อยลานดอลลาร์ไปพร้อมกัน!