Anno 2199. La Terra è stata trasformata in un deserto radioattivo dai pesanti bombardamenti dell`impero alieno di Gamilas. L'umanità si è rifugiata sotto la superficie terrestre, ma gli scienziati prevedono un solo anno di sopravvivenza. In questi giorni disperati ecco che dalle profondità siderali giunge un messaggio da parte della regina Starsha di Iscandar, la quale offre ai terrestri un dispositivo in grado di riportare la vita sulla Terra. Ma per recuperare il dispositivo è necessario recarsi sul pianeta Iscandar, un viaggio di 296.000 anni luce da compiere in 363 giorni affrontando l'intera flotta di Gamilas. L'ultima speranza della Terra è affidata alla corazzata spaziale Yamato e al suo giovane equipaggio.

Anno 2201. La Terra è entrata in una fase di pace e prosperità. La corazzata Yamato, che aveva salvato la Terra dalla minaccia di Gamilas, è ormai destinata allo smaltimento, superata dalla nuova classe di corazzate spaziali Andromeda. Ma un giorno viene captata una richiesta di aiuto proveniente dall’ultima sopravvissuta del misterioso pianeta Terasat. Una voce femminile avverte dell’avanzata di un enorme cometa bianca, che distrugge ogni cosa al suo passaggio. Disobbedendo agli ordini dei superiori, la Yamato e il suo equipaggio ripartono per un nuovo viaggio verso l’ignoto.

Anno 2201. È passato un mese dalla guerra contro l’impero di cometa. La Yamato fa rotta verso la Terra. Anche la flotta di Gamilas torna casa, ma una brutta sorpresa li attende: una razza aliena sconosciuta minaccia di distruggere Gamilas e Iscandar per impadronirsi delle loro risorse minerarie. Le poche navi di Dessler si schierano a difesa di Starsha contro le preponderanti forze nemiche. E mentre Kodai sta addestrando il nuovo equipaggio della Yamato, dalla Nube di Magellano giunge un S.O.S…

Anno 2202. Le flotte dell’impero delle Stelle Nere si sono spinte fino alla Terra, minacciando di fare esplodere l’intero pianeta con una ciclopica bomba se non verrà dichiarata la resa. L’unica via di salvezza è distruggere il detonatore, che si trova nella galassia nemica, a 400 mila anni luce di distanza. Inizia così un nuovo viaggio per la corazzata Yamato, al termine del quale l’esterrefatto equipaggio si troverà di fronte a… la Terra?

L'avvicinarsi del pianeta acquatico Aquarius minaccia la Terra, che rischia di essere inondato e distrutto. Non si tratta però di una casualità: Aquarius è entrato in rotta di collisione con la Terra per via delle macchinazioni dei Dinguil, una malvagia razza aliena che ha perso la propria madre patria nello stesso modo. Per l'ennesima volta, l'unica speranza per la Terra è rappresentata dalla corazzata spaziale Yamato che dovrà deviare la rotta di Aquarius e scongiurare la collisione con la Terra.

In the year 2220 A.D., the Earth Federation launches a plan to evacuate Earth when discovering that a travelling black hole capable of destroying anything in its path is on course towards the solar system. As the people on Earth prepare to relocate to planet Amare, whose ruler offers refuge, the tyrants known as the "S.U.S. Empire" attack the first Earth evacuation fleet. After learning that his wife Capt. Yuki Mori-Kodai disappeared in the battle and that legendary space battleship Yamato has been fully rebuilt, Susumu Kodai accepts command of the ship as he intends to not only help humanity once again, but also find Yuki in the hope of helping his relationship with his daughter Miyuki, who puts the blame on him for her mother's disappearance. But in order to fullfil the mission, the Yamato must go through battles against the SUS Empire, who intend to spoil humanity's hopes of finding a new place to live in and turn Earth into energy for their own selfish needs.