Özel Çamlıca Lisesi'ne yeni bir idareci atanır. Tarih hocası olan Kel Mahmut, haylaz öğrencilerle dolu Hababam Sınıfı'nı disiplin altına almak için çaba sarf etmektir. Ancak, öğrencilerinde uslanmaya niyetleri yoktur. Kopya çekmeyi alışkanlık haline getiren, sigara içen ve sıkça okuldan kaçan öğrencilere, Mahmut Hoca'nın ilginç cezaları vardır. Yaşları bir hayli ilerlemiş ve bir türlü okulu bitirememiş olan Hababam Sınıfı öğrencilerinden Ferit'in bir de çocuğu vardır. Bir gün çocuğa bakacak kimse bulamayınca, onu okula getirmek zorunda kalır. Ancak, bu durumu okul sahibinin hoşuna gitmeyecektir.

Hababam Sınıfı mezun olmadığı halde Mahmut Hoca'yı hastanede mutlu edebilmek için sahte diplomalar hazırlamıştır. Fakat Mahmut Hoca'nın okula dönüşüyle yasaklar yine başlar. Okula yeni gelen ve zor şartlar altında çalışmış olan Semra Öğretmen'den aşk mektubu aldığını zanneden Şaban ona cevap mektupları gönderir fakat daha sonra okulda işler iyice karışacaktır.

Hababam Sınıfı'na Ahmet adında çalışkan bir öğrenci gelir. Hababam, başta köylü diye alay ettiği Ahmet'i de kendisine benzetmeye çalışır. Ne var ki, Ahmet kolay pes etmeyen, duyarlı ve duygulu bir çocuktur.

Okul müdürü, daha fazla para kazanabileceğini düşünerek, Çamlıca Lisesi ne yeni gelen kız öğrencileri kabul eder. Bu 4 kız, Hababam Sınıfı'na gönderilir. Ancak, kısa zamanda Hababam Sınıfı'nın haylazlıklarına uyum sağlayan kızlar, erkeklere karşı bir savaş başlatır. Sürekli erkeklerin tuzaklarına düşen kızlar, başlarına geleceklerini önceden öğrenebilmek için erkekler arasında bir ajan aramaya başlar. Okuldan kaçmak için izcilik bahanesiyle Badi Ekrem'i kandıran öğrenciler, maç dönüşü karşılarında Mahmut Hoca'yı bulur. Mahmut Hoca'nın cezası ise öğrencilerin bir izcilik kampına gitmesidir.

Kızlı erkekli Hababam Sınıfı haylazlıklarını sürdürmektedir. Sınıfa doğulu bir aşiret reisinin oğlu gelir ve kendini ağa ilan eder. Öğrenciler de onunla kafa bulmaya başlar. Okulun yeni asabi hocası (Perran Kutman), tam bir erkek düşmanıdır. Sınıftaki 2 öğrenci arasında bir aşk başlar ve kız hamile kalır. Ancak, gebelik testini yaptırdıkları kimya hocası Kalem Şakir, incelediği idrar örneğinin bu hocaya ait olduğunu düşünür.

Doğulu bir ailede yetişen edebiyat hocası Mehmet Bülbülün tayini Özel Çamlıca Lisesine çıkar. Öğrenciler ilk başta yeni gelen hocalarına yukarıdan bakarlar. Mehmet Hoca, ilk başta bu duruma aldırış etmese de daha sonra ailesinin küçük görülmesine dayanamaz. Bu arada Hafize Ananın kızı Nazlı da okulda okumaktadır. Ancak fakirliğinden utanan Nazlı, annesinden köşe bucak kaçmaktadır. Mehmet Hoca, diğer öğrencileriyle olduğu gibi Nazlıyla da yakından ilgilenir ve onun sorunlarını çözmesine yardımcı olur.

Yıl 2003, eski Hababam Sınıflarının okulu olan Özel Çamlıca Lisesi hala eğitim ve öğretime devam etmektedir. Okul sahibi vefat etmiş, okulu oğlu Deli Bedri (Mehmet Ali Erbil) tarafından işletmektedir. Okuldaki Hababam geleneği de tüm hızıyla devam etmekte ve okuldaki tüm öğretmenler bu sınıftaki öğrencilerin bin bir türlü oyunlarından yılmış kaçacak yer arar olmuşlardır. Tüm bunları fırsat bilen Deli Bedri lakaplı okul sahibi okulu kat karşılığı müteahhite satıp yerine plaza yapılmasını arzulamaktadır. Onun bu hayalinden haberdar olan okul müdiresi Fatoş Hoca (Hülya Koçyiğit) okulun satılma bahanesi olan Hababam Sınıfı ile mücadele edebilmek için eski Hababamcılardan yardım ister. Olaylar Deli Bedri’nin okulu sattığını söylemesiyle tırmanır ve herkesi çok büyük bir bir sürpriz bekler.

Yaşıtları çoktan iş güç sahibi olan Hababam Sınıfı'nın dur durak bilmez haylazlıkları artık dayanılmaz boyutlara gelmiştir. Okul müdürü Deli Bedri çareyi Hababam'ı askere göndermekte bulur. Ama askerde iş çığırından çıkar.

Askerliğini bitiren Hababam Sınıfı yuvasına geri döner. Bir türlü iflah olmayan sınıf, Çamlıca Lisesi’nin müdür ve öğretmenlerini yeniden çileden çıkarmak üzeredir. Okul müdürü Deli Bedri Hababam Sınıfı’nı bu kez kesin göndermek niyetindedir. Karısı Deli Bedriye ve Bedriye'nin oğlu ile beraber okula taşınır. Türlü numaralarla onlardan kurtulmaya kararlıdır. Deli Bedriye’yi de çok geçmeden düşmanları arasına katan Hababam Sınıfı’nı yeni sürprizler beklemektedir.

Özel Çamlıca Lisesi öğrencileri Kıbrıs'ta düzenlenen geleneksel liselerarası yaz oyunlarına katılmaya hak kazanır. Okulun sahibi olan Pinti Lütfullah, yarışmaya katılacak öğrencileri fen bölümünden seçmeye karar verir. Hababam Sınıfı, seçilen dört öğrencinin kim olduğunu öğrendiklerinde vakit kaybetmeden bir plan yapar. Kıbrıs'a gidileceği gün, seçilen dört öğrenci yerine uçakta Yakışıklı, Racon, Format ve Dede Kıbrıs bulunur. Yarışma ile ilgilenmeyen ekibin tek amacı güzel bir tatil geçirebilmektir. Ancak bu yarışma Hababam'ın arkadaşlığın ve birlik olmanın ne demek olduğunu anlamalarını sağlar.