Keis Leben macht nach einem schweren Verkehrsunfall eine Wendung um 180 Grad, denn als er unversehrt unter dem Lastwagen hervorkriecht, steht eins fest: Er ist ein Ajin! Diese menschenähnliche unsterbliche Spezies wird von der Regierung gejagt, die grauenvolle Experimente an den Ajin durchführt, um sie zu Kampfmaschinen zu machen. Von den normalen Menschen geächtet, muss Kei nun fliehen. Nur eine Person kommt ihm dabei zu Hilfe: sein Sandkastenfreund Kaito. Als Kei merkt, dass er ihn dadurch jedoch in Gefahr bringt, lässt er ihn zurück ... Unterdessen versucht ein weiterer Ajin, Sato, Kontakt zu Kei aufzunehmen. Dieser setzt sich für die Rechte der Ajin ein und hat vor, den Jungen auf seine Seite zu ziehen. Doch seine wahren Absichten sind ganz anderer Natur ...

Nachdem Kei durch seinen Sprung vom Gebäude nun auch weiß, wie sich Ertrinken anfühlt, findet er Unterschlupf bei einer alten Dame auf dem Land. Er gibt sich von nun an als ihr Enkel aus und nutzt die Gelegenheit, Tests an seinem schwarzen Geist durchzuführen. Sato verfolgt unterdessen weiter seinen Plan: Er hat andere unentdeckt lebende Ajin zusammengetrommelt, um mit ihnen ein Massaker zu veranstalten. Doch Ko Nakano will da nicht mitspielen und flieht. Als er auf Kei trifft, erzählt er ihm von Satos Absichten und versucht ihn dazu zu überreden, den grausamen Ajin gemeinsam aufzuhalten. Kei allerdings genießt seine momentane Ruhe und entschließt sich, Ko in einem alten Truck einzusperren. So hat Sato freie Hand, seinen "ersten Schlag" gegen die Menschheit auszuführen ...

Ajin Sato macht seine Drohung wahr: 15 Vertreter von Organisationen werden nach und nach von ihm ermordet, solange die Regierung nicht auf seine Forderungen eingeht. Derweil trainieren Kei und Ko, um sich sowohl physisch als auch mental zu stärken. Die wichtigste Aufgabe erwartet Kei: Er muss lernen den schwarzen Geist unter Kontrolle zu bringen. Gerade als Tosakis Plan, Sato aufzuhalten, in den letzten Vorbereitungen steckt, wird der Mitarbeiter des Ministeriums von Almeida und Myers entführt. Während für das Team um Kei nun Tosakis Rettung Vorrang hat, ist Sato mittlerweile bei der letzten Person auf seiner Liste angekommen: Der Präsident von Musashi Heavy Industries soll beim Vorstandstreffen sterben. Diesmal soll auch die illegale Anti-Ajin-Sondereinheit zum Einsatz kommen ...