Ein schüchterner Junge namens Shogo kauft sich ein Pack Duel Monsters Karten und findet darin die Karte »Red Eye Black Dragon«, eine sehr seltene Karte. Der Verkäufer sagt ihm, dass die Kraft der Karte vom Mut des Benutzers abhängt. Doch Shogo traut sich nicht an ein Duel, da er denkt, er verliere sowieso. Um den Jungen zu ermutigen und ihm mehr Selbstvertrauen zu geben, haben Jounouchi und Yugi eine Idee. Yugi zeigt in einem Duel mit Kaiba und seinen weißen Drachen, dass er nie aufgeben soll und benutzt dafür Shogos Karten.

Tief unter dem Sand der ägyptischen Wüste erwacht Anubis, ein uralter, böser Geist und eingeschworener Feind des Pharaos, wieder zum Leben. Doch davon ahnen weder Yugi Muto noch Yami Yugi etwas. Als Yugi sich erneut seinem Erzrivalen Seto Kaiba im Duell stellen muss, spielt dieser die mysteriöse Karte "Pyramide des Lichts". Plötzlich werden alle Anwesenden in das Milleniumspuzzle gezogen und schlagartig entbrennt ein Duell auf Leben und Tod - ein wahres Spiel der Schatten - zwischen Yugi, Kaiba, dem Pharao und dem wiedererweckten Anubis! Wird es den Yugis gelingen, die Welt vom Bösen zu befreien?

Zum ersten Mal sind drei Yu-Gi-Oh!-Helden für ein gemeinsames Abenteuer vereint: Yusei Fudos mächtigste Karte, der Sternenstaubdrache, wird von Paradox, einem mysteriösen Duellanten aus der Zukunft, gestohlen! Das kann Yusei natürlich nicht akzeptieren und so verfolgt er Paradox bis in die Vergangenheit zurück. Hier trifft er auf Jaden Yuki, der seinerseits gerade von Paradox angegriffen wird. Gemeinsam reisen sie noch weiter in der Vergangenheit Paradox hinterher, der hier sein eigentliches Ziel erreichen will: Pegasus töten! Yusei und Jaden treffen in Domino City auf Yugi Moto. Gemeinsam stellen sich die drei größten Duellanten aller Zeiten ihrem Feind: Doch ist Paradox überhaupt noch zu stoppen, bevor ihre Vergangenheit aufhört zu existieren?

Das schicksalsträchtige Duell zwischen Yugi Muto und Pharao Atem wurde entschieden. Die Milleniumsgegenstände wurden unter dem Wüstensand begraben und die Seele des Pharaos fand ihre Ruhe. Yugi und seine Freunde sind zum Alltag zurückgekehrt und bereiten sich auf ihren Schulabschluss vor. Von Ihren Vorbereitungen abgelenkt merken die Freunde nicht, dass der neue, gar unscheinbare, Mitschüler Aigami finstere Pläne verfolgt. Ganz besonders hat Aigami es auf Yugi abgesehen. Als sich Aigamis Pläne eröffnen und sich auch noch Seto Kaiba mit seinen nicht minder eigenwilligen Zielen einmischt kommt es zum Showdown. Yugi, Kaiba und Aigami stellen sich einem Duell, das nicht nur mit neuen Techniken aufwartet, sondern auch das Schicksal der Welt beschließt. Gewinnt Aigami, erreicht er damit sein zerstörerisches Ziel. Kann ihn Yugi aufhalten?