Der Allgäuer Kriminalhauptkommissar Kluftinger traut seinen Augen nicht. Auf dem Mordopfer liegt sorgfältig drapiert eine tote Krähe. Im Verlauf der Ermittlungen kommt Kluftinger einem Täter auf die Spur, der nach Allgäuer Sagenmotiven mordet.

Ein Gewaltverbrechen erschüttert Kommissar Kluftingers idyllischen Heimatort Altusried. Der Ermordete arbeitete als Betriebsleiter einer nahe gelegenen Molkerei und war verhasst, weil er knallhart den Milchpreis drückte. Davon betroffen sind die um ihre Existenz bangenden Bauern, mit denen der Kommissar gemeinsam im Blasorchester spielt. Kluftinger muss ihnen unangenehme Fragen stellen, was die Atmosphäre prompt vergiftet. Auch seine Frau Erika ist verschnupft, weil ihr Gatte wegen dieses Mordfalls den gemeinsamen Spanienurlaub absagt. Und zu allem Überfluss stellt sein übereifriger Vater ein pensionierter Dorfpolizist, eigene Ermittlungen an. Während der Kommissar bei der Verfolgung eines Verdächtigen in ein ausgehobenes Grab fällt, führen Kluftinger Seniors Ermittlungen zur Verhaftung der illegal beschäftigten Putzfrau des Mordopfers. Diese hat mit der Bluttat nichts zu tun, bringt den Kommissar aber auf die Spur rätselhafter Lkw-Lieferungen aus Osteuropa.

Die Handlung von Seegrund beruht auf tatsächlichen historischen Fakten. Am Alatsee bei Füssen wird am Ufer ein lebloser Taucher gefunden. Scheint so, doch das, was Kluftinger als Blutlache findet, ist tatsächlich eine rote Substanz aus dem See, und der leblose Taucher ist nicht so leblos, wie Kluftinger glaubt.

Ein rätselhafter Telefonanruf bringt Kluftinger und seine Kollegen Maier und Hefele auf die Spur einer brutalen Mordserie. Ein Serienkiller, der seinen Opfern die Herzen herausschneidet und sie makaber am Tatort drapiert, treibt im Allgäu sein Unwesen. Da bleibt kaum Zeit für Kluftingers eigene Sorgen: die Brustschmerzen, die ihm das Leben zur Hölle machen. Leidet er wie sein Vater an Herzproblemen? Kluftinger wähnt sich - auch wegen der merkwürdigen Äußerungen seines Arztes Dr. Langhammer - sterbenskrank. Doch diesen Fall wird er lösen. Und wenn es das Letzte ist, was er tut.

Die Monstranz mit der Reliquie des St. Magnus, deren Raub Kluftinger als junger Polizist nicht verhindern konnte, kehrt endlich in die Heimat zurück. Dass Lodenbacher ausgerechnet Maier damit beauftragt, bei der Ausstellungseröffnung für die Sicherheit des Allgäuer Schutzpatrons zu sorgen, trifft Kluftinger tief. Er hätte die Blamage von damals gern selbst ausgebügelt, muss aber stattdessen den Mord an einer alten Frau aufklären. Doch Kluftinger wäre nicht Kluftinger, wenn er nicht merken würde, dass der Mord an der alten Frau Zahn mit der Monstranz und deren Sicherheit in Verbindung steht. Alles deutet darauf hin, dass Frau Zahn einen Schuppen des alten Sägewerks ausgerechnet an die Bande vermietet hatte, die den erneuten Raub der Monstranz plant.