Profesör Xavier, dünyada birçok kişinin farkında olmadığı bir durumdan haberdardır. Bu nedenle kendi isteklerinden bağımsız olarak muhtelif mutasyonlara tabii tutulmuş olan insanları, yeteneklerini açığa çıkarabilmek adına bir okulda toplamıştır. Toplanılan bu gençlerin asıl amacı, dünyaya kötülük salmaya hevesli olan yapay mutantların vahşetini engellemektir. X-Men ekibi, bir yandan politikacıların karalama politikalarıyla didinirken, öteki taraftan dünyayı kurtarmaya çalışacaklardır.

Styker isimli kötü niyetli bir varlık şehrin ve insanlığın düzenine çomak sokmak üzere güç toplamaktadır. Büyük bir kaosu beraberinde getirmeyi amaçlayan William Styker, müthiş bir şehilde organize olmaktadır. Alışılmışın dışındaki süper güçleriyle çevresine korku yaymaya başlayan Styker'ın karşısına dikilebilecek tek ekip ise Profesör Charles Xavier'in üstün mutantlardan oluşan ekibidir. Magneto ise onlara yardım etmeye hazır bir biçimde beklemektedir. Mutantlar arasında ayrı bi öneme sahip olan Wolverine ise, kendi geçmişini aramak üzere bir yolculuğa çıkmanın eşiğindedir.

X-Men topluluğu ilk kez bir seçim aşamasındadır. Yeni tedavi yöntemiyle mutantlar tüm yeteneklerinden kurtularak normal insanlar gibi yaşayabileceklerdir. Onların inanılmaz özelliklerinden arınıp arınmamaları konusunda mutantların lideri Charles Xavier ve Magneto arasında gerçek bir görüş ayrılığı oluşmuştur. Son ve en büyük savaşın temelleri atılmaktadır.

İnsanların akıllarını okuyup, kontrol edebilen, telepatik güçlere sahip Oxford mezunu genç Charles, kendisi gibi başkalarının da olup olmadığını merak etmiştir. Diğer mutantların varlığını keşfedince, hepsini bir araya toplar ve dünya için en büyük tehlike olan Tom Cohen’i birlikte durdurmaya çalışırlar.

Mutantlar soylarının tükenmemesi için zamanda yolculuk yapmak zorundadır zira gelecekte kamplara hapsedilmiş durumdadırlar. Sentinel'ler tarafından avlanıp öldürüldükleri için de nesilleri tükenmenin eşiğine gelmiştir. Mutantların soyunu kurtarabilmek için iki ezeli düşman Magneto ve Charles Xavier güçlerini birleştirirler. Planları Sentinel'lerin yarattığı vahşeti durdurmak üzerine kuruludur. Wolverine, kendi kendini iyileştirebildiği için zamanda yolculuğun onda yol açabileceği yan etkiler yok olacaktır. Bu yüzden Wolverine'i Kitty Pryde'ın da yardımıyla geçmişe gönderirler. Trask Industries'in deneyler sonucu ürettiği Sentinel'lerin yapım aşamasına engel olacaklardır. Acaba bu konuda başarılı olabilecekler midir?

Evreninin ilk ve en güçlü mutantı Apocalypse, ölümsüz ve yenilmez olmuştur. Binlerce yıllık uykusundan uyandığında bulduğu dünya, onu büyük hayal kırıklığına uğratır. Kendine mutantlardan güçlü bir takım oluşturur. İçinde Magneto’nun da bulunduğu takımın amacı insanoğlunu yok etmek ve Apocalypse’in saltanat sürebileceği bir dünya hazırlamaktır. Genç bir X-Men takımına yardım etmeli ve insanoğlunu yok oluştan kurtarmalıdır.

X-Men ekibinin karşısında şimdiye kadarki en zorlu ve güçlü düşmanları vardır: İçlerinden biri olan Jean Grey. Uzaydaki bir kurtarma görevi sırasında, Jean gizemli bir kozmik güç tarafından darbe alır. Neredeyse ölecek olan Jean eve döndüğünde bu gücün onu daha güçlü kıldığını fark eder. Ancak bu güç onu aynı zamanda daha dengesiz bir hale de getirmiştir. İçindeki bu varlıkla mücadele eden Jean, güçlerini idrak edemediği ve sınırlandıramadığı bir şekilde serbest bırakır. Kontrolden çıkan Jean sevdiklerine zarar vermeye başlar ve X-Men’i bir arada tutan yapının çözülmesine sebep olur. Parçalanan ekip tekrar birlik olmanın yolunu bulmalıdır. Mevzu yalnızca Jean’i kurtarmak değil, aynı zamanda Jean’in içindeki gücü silahlaştırmak ve galaksiye hükmetmek isteyen uzaylılardan dünyayı kurtarmaktır.