Jim Phelps en zijn elite-team bereiden in Praag een minutieus plan voor om een computerdiskette met de identiteit van de Amerikaanse spionnen uit de handen van de vijand te houden. Het team, bestaande uit Ethan Hunt, Phelps' mooie vrouw Claire, Sarah Davies en een electronische expert, weet dat een diefstal gepland is op een ambassade-gala in Kiev.

Agent Ethan neemt het op tegen zijn vroegere wapenbroeder Sean Ambrose, een man die alles van hem heeft geleerd, maar nu zijn aartsvijand is geworden. Beide mannen azen op een genetisch gemanipuleerd virus, 'Chimera' genaamd.

Geheim agent Ethan Hunt wordt vastgehouden. Hij dreigt te worden neergeschoten voor de ogen van zijn vrouw. Het begin van een kat-en-muis-spel, waarbij Hunt alle special agents die hij vertrouwt, nodig heeft om zichzelf én zijn vrouw te redden.

Geheim agent Ethan Hunt en zijn teamleden worden opgeroepen door de president om terecht te staan voor een fatale explosie die is ontstaan in het Kremlin gebouw in Moskou, waar zij bezig waren met een top geheime missie.

Het bijzonder efficiënte doch destructieve Impossible Mission Force (IMF) van Ethan Hunt wordt door de bureaucraten van Washington, waaronder het hoofd van de CIA, ontbonden. Maar Hunt stelt toch zijn team samen om een schimmige organisatie bekend als "The Syndicate" en diens ongrijpbare leider te vatten.

Nadat een missie fout afloopt, moeten Ethan Hunt en zijn IMF-team, bestaande uit Alan Hunley, Benji Dunn en Luther Stickell, racen tegen de klok. Ze worden bijgestaan door Ilsa Faust en Julia Meade die hen helpen hun nieuwe missie tot een goed einde te brengen.

In Mission: Impossible - Dead Reckoning Part One beginnen Ethan Hunt en zijn IMF-team aan hun gevaarlijkste missie tot nu toe: het opsporen van een angstaanjagend nieuw wapen dat de hele mensheid bedreigt, voordat het in verkeerde handen valt. Er volgt een dodelijke race rond de wereld waarbij controle over de toekomst en het lot van de wereld op het spel staan en Ethan wordt geconfronteerd met duistere krachten uit zijn verleden. In zijn krachtmeting met een mysterieuze en machtige vijand moet Ethan noodgedwongen de gedachte overwegen dat niets belangrijker kan zijn dan zijn missie, zelfs niet het leven van degenen die hem het meest dierbaar zijn.

Ethan Hunt and the IMF team continue their search for the terrifying AI known as the Entity - which has infiltrated intelligence networks all over the globe - with the world's governments and a mysterious ghost from Ethan's past on their trail. Joined by new allies and armed with the means to shut the Entity down for good, Hunt is in a race against time to prevent the world as we know it from changing forever.