IMF görevinde olan Jim Phelps ve ekibi, IMF ekibinin içine sızmış bir köstebeği ortaya çıkartmaya çalışıyorlardır. Her şey yolunda giderken birden operasyon ters gitmeye başlar ve ekipte Ethan Hunt dışında herkes ölür. IMF merkezi, hainin o olduğunu düşünüyordur ve ona, bu yönde kanıtlar sunarlar. Fakat Ethan Hunt masum olduğunu biliyordur. Kendisini temize çıkarmak için kaçacaktır.

Eski bir IMF ajanı olan Sean Ambrose, Chimera adlı ölümcül bir virüsü ele geçirmeye çalışmaktadır. Virüsü ve antivirüsünü kullanarak borsayı kontrolüne alarak bir servet yapmak isteyen Ambrose'un peşine Ethan Hunt düşer. Ethan, Ambrose'u bulabilmek için onun eski sevgilisi Nyah Hall'u kullanmaya karar verir. Ancak Nyah'ın büyüleyici güzelliği, Ethan'ın ona aşık olmasına ve önceliklerinin değişmesine sebep olur.

Gizli ajan Ethan Hunt beyazperdeye geri dönerken bugüne kadar karşılaştığı en amansız rakibini de yanında getirdi. Hunt ile ekibi bugüne kadar izini kimsenin takip edemediği silah satıcısı ve bilgi sağlayıcısı Owen Davian'a karşı zor bir göreve soyunuyor.

Serinin 4. filmi Ghost Protocol'da, Ethan Hunt'ın maceraları kaldığı yerden devam ediyor. Kremlin Sarayı havaya uçurulmuş ve Rusya \"Hayalet Protokolü'nü\" etkinleştirmiştir. Olayın sorumluluğu birileri tarafından Hunt ve ekibine mal edilmiş bu işten sorumlu tutulmaktadır. Hunt, amirinden de yardım alarak işin arkasında olanları ortaya çıkarmak için özel bir ekip kurar. Aynı zamanda hayatta kalabilmek için amansız bir mücadele içerisine girecektir.

Ethan ve beraberindeki ekibi şimdiye kadarki en imkansız göreve çıkacak. IMF'i ortadan kaldırmayı hedefleyen uluslararası dolandırıcılık örgütü Sendika'nın kökünü kazımak için yola çıkan Görevimiz Tehlikeli ekibi bu süreçte organizasyonun da hedefi haline gelir.

Çalıntı plütonyumu kurtarmaya çalışırken tehlikeli bir göreve adım atan Ethan Hunt görevi başarmaktansa takımının hayatını kurtarmayı tercih ediyor ve nükleer silahlar medeniyeti yok etmeye niyetlenen oldukça marifetli ajanların tehlikeli ağına düşüyor. Dünya artık tehlikede; Ethan ve İmkansız Görevler Ekibi nükleer serpintiyi durdurmak için zamana karşı yarışırken sert bir CIA ajanıyla birlikte çalışmak zorunda kalırlar. Daha önce hiç böylesine yıkıcı bir tehdit, böylesine şaşırtıcı hareketler ve böylesine imkansız bir görev olmamıştı!

Ethan Hunt ve IMF ekibi şimdiye kadarki en tehlikeli görevlerine atılıyorlar. Görevleri; yanlış ellere geçmeden önce tüm insanlığı tehdit eden korkunç bir silahın izini sürmek. Geleceğin kontrolü ve dünyanın kaderi tehlikedeyken ve Ethan'ın geçmişinden gelen karanlık güçler yaklaşırken, dünya çapında ölümcül bir yarış başlıyor. Gizemli, her şeye gücü yeten bir düşmanla karşı karşıya kalan Ethan, hiçbir şeyin görevinden daha önemli olamayacağını düşünmek zorunda kalır. En çok değer verdiği kişilerin hayatları bile.

"Mission: Impossible - Ölümcül Hesaplaşma Birinci Bölüm"ün bıraktığı yerden devam ediyor. Ethan Hunt ve ekibinin, yanlış ellerde dünyanın sonunu getirebilecek bir yapay zekâ programı olan "Varlık"a ulaşma mücadelesini anlatıyor. Ethan, bu kez sadece dünyayı kurtarmakla kalmaz, aynı zamanda geçmişteki hesaplaşmaları da sonlandırmak zorundadır.