Stuart jest inteligentny, przemiły, nosi ubranka szyte na miarę i nie ma nikogo na świecie. Jest małą myszką, którą adoptuje nowojorska rodzina państwa Malutkich. Ich syn George nie kryje swego rozczarowania, nie tak bowiem wyobrażał sobie nowego braciszka. Stuart nie daje jednak za wygraną i wkrótce zaskarbia sobie sympatię chłopca. Pojawienie się Stuarta wyprowadza z równowagi kota państwa Malutkich, Śnieżka, który postanawia pozbyć się uprzykrzonego intruza. Za radą kotów z sąsiedztwa wynajmuje parę myszy-oszustów, które zjawiają się w domu państwa Malutkich podając się za prawdziwych rodziców Stuarta. Stuart chcąc nie chcąc opuszcza gościnny dom Malutkich i wyrusza w nieznane. Nie minie jednak wiele czasu, a państwo Malutcy odkryją podstęp Śnieżka i wyruszą na poszukiwania Stuarta, którego zdążyli pokochać jak własnego syna.

Sympatyczna myszka ma nowe pasjonujące przygody . Ponieważ George chwilowo nie ma dla niego czasu Stuart czuje się osamotniony. Marzy więc o znalezieniu nowego przyjaciela. I gdy pewnego dnia ratuje z opresji uroczą Margalo, ptaszka ściganego przez sokoła, Falcona, czuje, ze znalazł kogoś kogo polubił. Margalo ma zranione skrzydło. Stuart postanawia się nią zaopiekować i zabiera ją do domu. Oczywiście państwo Malutcy są zachwyceni i nie mają nic przeciwko temu, żeby ptaszek został u nich na dłużej. I wówczas ...Margalo odkrywa przed nimi wiele ciemnych tajemnic.

Rodzina Malutkich przemierza daleką drogę w tym ekscytującym animowanym filmie przygodowym. Podczas pobytu na kempingu daleko od Nowego Jorku Stuart i George przyłączają się do skautów, aby przejść kurs szkoły przetrwania. George zaprzyjaźnia się z uroczą skautką Brooke, Stuart natomiast najbardziej pożyteczne lekcje otrzymuje od pozbawionego przyjaciół skunksa o imieniu Reeko. W tym czasie Śnieżek wykorzystuje pasażera na gapę - kota przybłędę Muńka, by chronić go przed domniemaną bestią z lasu, jako że pozostała część rodziny cieszy się beztroskim wypoczynkiem, zapominając o całym świecie.