Los Xillian, una raza alienígena, inicia la invasión de la Tierra, primero mediante engaños y después abiertamente, sirviéndose de un pequeño ejército de monstruos gigantes. Solo un grupo de resistencia formado por miembros de la EDF (Earth Defense Force) podrá hacerles frente. Pero para derrotar a los monstruos deberán despertar de su letargo en la Antártida a la peor amenaza que jamás haya conocido la humanidad, pero que ahora podría ser la última esperanza de salvación: el Rey de los Monstruos, Godzilla.
Minya, el hijo de Godzilla, se encuentra en una isla donde las luchas por el poder son terribles ya que otro monstruo, Gabera, amenaza al rey y a su vástago.
En el film anterior, se había conseguido derrotar a un nuevo Godzilla gracias a un gigantesco robot muy similar al monstruo: el Mechagodzilla o Kiryu, que ahora está en proceso de reparación. Mientras tanto, las diminutas gemelas de la Isla Infante (hogar de Mothra) proporcionan al doctor Chujo una información de vital importancia: Kiryu ha sido construido con los huesos del Godzilla original, y el espíritu del monstruo no descansará hasta que sus restos regresen al mar. Chujo se pone en contacto con el Gobierno para que destruyan el proyecto Kiryu, porque Mothra, en cuanto reaparezca Godzilla, defenderá de nuevo el Japón, pero ministros y militares desoyen la advertencia. Y el gigante verde vuelve a aparecer en Tokio, desatando una oleada de destrucción. Pronto tendrá lugar el enfrentamiento entre Godzilla y Mothra, que cuenta con la ayuda del robot gigante, aunque no está totalmente reparado.
Una misteriosa isla ha sido colonizada por una extraña organización terrorista de tintes comunistas llamada Red Bamboo, que ha esclavizado a la población indígena y que se dedica a la fabricación de bombas atómicas. En esta isla vive la langosta gigante Ebirah, que se encarga de devorar a todos aquellos que intentan escapar del lugar, hasta que un rayo despierta a Godzilla, dormido casualmente en el interior de una gruta de la isla.
En los años 50, la capital de Japón fue atacada y casi destruida por Godzilla. Desde entonces, Japón ha disfrutado de un gran periodo de paz, pero esa paz se ve alterada cuando un submarino del ejército japonés detecta una extraña silueta en el fondo del mar que recuerda a Godzilla. Nadie acepta tal posibilidad, excepto el Comandante Tachibana quien, en su niñez, fue testigo del ataque de Godzilla, por lo que no descarta el regreso del monstruo atómico.
Una profecía ancestral de Okinawa predice que un monstruo aparecerá a destruir el mundo pero será detenido por dos criaturas colosales. El hallazgo de una estatua en las cavernas de Okinawa indican que se trata de la llave para llamar a King Caesar, el guardián de la zona, y el único que puede detener la oleada de destrucción provocada por el recientemente aparecido Godzilla. Las señales de la profecía parecen cumplirse, pero un grupo de científicos comienza a descubrir pistas que indican que nada es lo que parece. Y ello se confirma cuando el verdadero Godzilla aparece en escena, desintegrando el camuflaje de la criatura que destruye las ciudades, y revelando ser un sosías robótico. Es MechaGodzilla, un ser cibernético construido por la raza alienígena del tercer planeta del Agujero Negro, que ha llegado a la Tierra con pretensiones de invadirla.
Godzilla debe luchar contra una criatura de lodo y polución llamada Hedora, que representa la amenaza de la contaminación sobre el planeta.
Originalmente lanzado en Japón como "The Return of Godzilla" en 1984, esta es la reeditada y re-titulada "Godzilla 1985". Añadiendo nuevas imágenes de Raymond Burr, esta decimosexta película de Godzilla ignora todas las secuelas anteriores y sirve como un seguimiento directo de "Godzilla King of the Monsters" de 1956, que también presentó escenas con Burr editadas en "Godzilla" de 1954. Esta película restaura el tono más oscuro del original, ya que somos testigos de la destrucción nuclear de un lagarto gigante que aterroriza a Japón.
En su búsqueda de alimento radioactivo, Godzilla ha destruido ciudades y plantas nucleares Japonesas a lo largo de la segunda mitad del siglo XX. Para detenerlo, se creó el Cuartel G-War, un centro de investigación apoyado por el equipo de combate G-Graspers. Su última arma, el Dimension Tide, tiene como objetivo encerrar a Godzilla en el interior de un Agujero Negro.
Tras una serie de terremotos, el reino submarino de Seatopia envía a Megalon, un escarabajo gigante, y al robot Gigan para destruir el mundo de la superficie. En un intento por detenerlos, el inventor Goro recupera a Jet Jaguar, un robot con pensamiento independiente que había sido robado, y lo manda para que traiga a Godzilla y que éste participe en la lucha.
Godzilla combate contra un misterioso platillo volante, que luego se transformará en un enorme monstruo llamado Orga. La batalla final transcurrirá en Shinjuku, un suburbio de Tokio, donde nuestro héroe aprovecha de estrenar su nuevo rayo atómico.
Versión japonesa. Una expedición organizada por el director de publicidad de un compañía de farmacéuticos, viaja a la isla Farou para recoger bayas rojas y captura a King Kong para usarlo en una campaña publicitaria. Cuando Godzilla se libera de un iceberg se genra un frenesí mediático con el combate de lucha libre mas grande de la historia.
En una isla tropical, unos científicos dirigen experimentos meteorológicos y se encuentran con enormes mantis y una gigantesca araña que está atacando al hijo de Godzilla. El gran monstruo volverá para defender a su hijo...
Para proteger el país del monstruo Godzilla, el gobierno japonés crea un robot gigante pilotado por seres humanos: Mekagodzilla, un símil del propio monstruo. Para ello utilizan el esqueleto del Godzilla original, que atacó por primera vez en 1954.
El dibujante de manga Gengo Odaka consigue un trabajo en el parque de atracciones World Children's Land, pero empieza a sospechar de la organización cuando descubre un mensaje confuso en unas cintas. Mientras Gengo y su equipo investigan, Godzilla y Anguirus descifran rápidamente el mensaje y comienzan a desarrollar su propio plan de acción.