L'histoire se passe à l'intérieur d'un ordinateur. Bob est un Gardien qui se charge de maintenir la sécurité du système Mainframe dans lequel se trouve un virus du nom de Megabyte. Ce dernier cherche à tout prix à infiltrer le SuperOrdinateur, un autre système bien plus puissant et dont Bob est originaire, afin de l'infecter. Bob a également des alliés en la présence de Dot Matrix, son petit frère Enzo particulièrement casse-cou et toujours accompagné de son chien Frisket, et Phong le « vieux sage ». Ce ne sera pas de trop pour lutter contre les offensives de Megabyte, mais également pour prendre part aux jeux lancés par l'utilisateur du système, qui se manifestent sous forme d'un cube de couleur violette qui tombe du « ciel », et dans lesquels ils doivent à tout prix battre l'utilisateur : s'ils perdent la partie, ils seront effacés et provoqueront la destruction d'un secteur de Mainframe.

Deux ados en apparence ordinaire sont secrètement chargés de traquer des monstres de jeux vidéo qui se sont malencontreusement échappés dans le monde réel.