Le monde est tourmenté par Shocker, une mystérieuse organisation terroriste, qui recrute ses agents en kidnappant des personnes qu'ils transforment en mutants cyborgs. Takeshi Hongo, l'une des victimes, se rebelle juste avant la phase finale de sa transformation. A l'aide de ses nouveaux pouvoirs, il décide de combattre Shocker...
Sky Force est une agence de défense internationale chargée de protéger la paix sur Terre. Cette agence met au point, à bord de la base orbitale Earth Ship, un projet secret : le Projet J, qui a pour but de créer un escadron d'élite dont les membres auront vu leurs capacités physiques développées à travers l'irradiation par les Birdonic Wave...
Un demi-siècle s'est écoulé depuis que le pays a déclaré la coexistence des humains et des monstres, une ère de chaos. Aoi Izumi, une jeune militante des droits de l'homme qui appelle à l'abolition de la discrimination, rencontre un homme.
