得知妻子的死并非意外后，一位前中央情报局站长被迫重回间谍界，与一位对手联手揭露一个颠覆他所有认知的阴谋。

随着科技的发展，人类发明了能侦察人的脑电波的“聪明”的机器人――“先知”。“先知”能侦察出人的犯罪企图，所以在罪犯犯罪之前，就已经被犯罪预防组织的警察逮捕并获刑。乔恩（汤姆•克鲁斯 Tom Cruise 饰）就是犯罪预防组织的一个主管。在一次通过“先知”成功阻止了一起因外遇引起的双人命案之后，乔恩隐约感到了这一套完美的预防犯罪系统中隐含的秘密，那就是少数派报告。原来，共有三个“先知”一起判定一个人是否有杀人企图。当出现分歧时，按少数服从多数原则定案，但最后若证明少数那一方是正确的话，则会秘密保存一份少数派报告。乔恩一觉醒来，突然发现自己已是昔日同事的抓捕对象。乔恩唯一的出路就是找到能证明自己清白的那份少数派报告……

吹哨人指所在企业或组织存在重大问题、严重威胁公众利益时，不惜面临巨大危险勇敢揭露的人。一场意外的空难，一次“普通”的跨国交易，一个竞争对手的离奇死亡，让在澳洲工作的华人员工马珂（雷佳音 饰）渐渐察觉到其中蹊跷。此时，神秘女人中方代表周雯（汤唯 饰）带来更多线索，一桩事关几百万人性命的巨大阴谋开始浮出水面……