チームリーダー尾形の、耳を疑うような発言に疑心をぬぐい切れない井上は、表面的には平和な姿をしている日常の中に、特殊能力で脅威の存在と四六時中シンクロしていた。そんなある日、六本木で大規模テロ事件が勃発。テロリストの魔手は笹本ら第四係のメンバーにも向けられていた。

官房長官襲撃事件後、第四係の次の任務は国会議事堂の警護となる。警護のさなか、尾形は本会議場から井上達を遠ざけた後、周到に練り上げた計画を実行に移し、議事堂内は革命に賛同するSPとテロリストたちによって制圧される。異変に気付いた井上達は尾形を止めるべくテロリストたちと戦い始める。

少女が惨殺される事件が起き、殺人事件の懲役を終えたばかりの清丸が指名手配される。清丸を殺せば10億円の謝礼を支払うという新聞広告が出され、身の危険を感じた清丸は福岡県警に自ら出頭。清丸の命が狙われるという状況下、警視庁警備部のSP銘苅と白岩は凶悪犯を移送することになる。

かつて妻が殺された事件の謎に迫った警視庁公安部の倉木。新たに東京では高層ビルのあるフロアに権藤ら武装集団が押し入って占拠する事件と、ペナム人の少女が拉致されそうになる事件が同時に発生し、後者の現場に居合わせた倉木に救われた少女は、かつて倉木と働き、今は私立探偵になった元刑事の大杉に偶然かくまわれる。だがそこへ権藤が現われ、少女の代わりに大杉の娘を連れ去り、倉木の同僚の明星も権藤の一味に拉致される。