A Nebulosa M-78 sofre um ataque por misteriosos e desconhecidos inimigos, que são derrotados por Ultraseven e seu filho Zero. Para saber quem os mandou, os Ultrabrothers decidem enviar Zero numa missão para descobrir a real identidade do inimigo. Chegando ao planeta Anu Zero encontra um jovem chamado Run, que está em perigo junto com seu irmão Nao em meio a uma invasão de robôs gigantes. Zero os ajuda e por se sentir fraco devido à atmosfera daquele planeta, une-se ao corpo de Run, que se torna seu hospedeiro. Em certo momento se encontram com a Princesa Emerana, do Planeta Esmeralda, e ficam sabendo por meio dela que mais uma vez, seu inimigo Ultraman Belial está por trás de todos os ataques, agora como Kaiser Belial, liderando um novo império de monstros. Zero, junto a novos companheiros agora fará frente à nova ameaça.