Il famigerato mercenario Ryo Saeba e la sua assistente Kaori Makimura si ritrovino tra le mani quello che in apparenza sembri un caso semplice. La regista Angie bussa alla porta dell'agenzia City Hunter per denunciare la scomparsa del suo gatto, ma un attentato alla stessa donna porterà Ryo e Kaori a pensare che dietro la sparizione del gatto ci sia ben altro. Ben presto il mercenario si renderà conto di essere finito in una rete di complotti e cospirazioni, tessuta da un'oscura figura del suo passato, da cui è fuggito fino a ora.