哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。

在濃霧籠罩的北海道根室市，哥吉拉突然現身，不僅襲擊了城市，也將當地的發電廠給破壞殆盡，哥吉拉預測網站的工程師雄田浩二和記者一瀨由紀在現場目睹整個過程。 另一方面，日本危機管理局在日本海溝附近發現一顆巨大的岩塊，經偵測後得知裡面含有強力的磁性物質，可能是新發現的能源，正當危機管理局局長片桐光男下令打撈岩塊時，岩塊居然無預警的自動浮出水面，並且超越地球引力飛上天同時朝著哥吉拉所在的方向飛去...

Gojira se po dlouhé době vynoří opět z hlubin oceánu a začne pustošit vše, co jí přijde do cesty. Vědec Shinoda, zakladatel GPN (The Godzilla Prediction Network), společně se svou malou dcerou Io zasvětil svůj život studiu legendárního monstra a teď má konečně příležitost Gojiru vidět pěkně zblízka. Jenomže Gojira jejich nadšení nesdílí a málem je to stojí život. V tu samou dobu objeví vládní vědci hluboko v Japonském příkopu mimozemskou loď. Chtějí ji vyzvednout na povrch a začít studovat. Jenomže mimozemská loď začne být najednou aktivní, vzlétne a následně přistane na Tokyo Opera City Tower. Vzápětí se ukáže, že jsou odtamtud nelegálně stahována důležitá data a panika začne narůstat. Mimozemšťané totiž hodlají ovládnout Zemi, chtějí změnit atmosféru a ze všeho nejvíc je zajímá samotná Gojira.

An independent group of researchers called the Godzilla Prediction Network (GPN) actively track Godzilla as he makes landfall in Nemuro. Matters are further complicated when a giant meteor is discovered in the Ibaragi Prefecture. The mysterious rock begins to levitate as it's true intentions for the world and Godzilla are revealed.

L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...

Yuji Shinoda ist Godzilla-Spezialist und hat seinen Job gekündigt, um sich Vorhersagen über zukünftige Angriffe des Monsters zu widmen. Die Wissenschaftsjournalistin Yuki Ichonose hält dies für eine gute Sache und unterstützt ihn dabei. An Arbeit mangelt es den beiden nicht, denn schon bald taucht Godzilla aus den Fluten des Meeres auf und zerstört die ganze Stadt Nemuro. Verzweifelt versuchen die Wissenschaftler einen Zusammenhang zwischen dem Auftauchen Godzillas und einem sonderbaren Kometen herzustellen, der kurz zuvor in einem See entdeckt wurde. Während Godzilla sich auf den Weg zum Kernkraftwerk macht entpuppt sich der Meteor als gigantisches Ufo. Es attackiert Godzilla mit einem Hyperblast, der in aufs offene Meer trägt. Durch die enorme Wucht wird auch das Ufo stark beschädigt und es scheint als hätten sich die beiden Gegner selbst zerstört. Aber dann tauchen sie plötzlich wieder auf und die Finale Schlacht beginnt...

Mentre gli scienziati indagano per conto del governo su un meteorite caduto nel mare milioni di anni fa, il "Godzilla Prediction Network (GPN)" è sulla costa in cerca di Godzilla allo scopo di studiarne il comportamento e prevenirne le mosse. Il mostro anticipa qualsiasi previsione emergendo dal mare e scatenandosi come una furia. Il metorite è in realtà un'astronave extraterrestre precipitata in tempi immemorabili e involontariamente riportata in piena efficienza dalle attenzioni degli scienziati e dall'alito atomico di Godzilla. Gli alieni "risvegliati" pensano che una sconfitta del colossale animale aprirebbe loro le porte della Terra e perciò, gli si scatenano contro assumendo le sembianze dell'imbattibile mostro Oruga ...

ゴジラシリーズ第23作にして、従来のシリーズとの繋がりを断って再度リブートした、「ミレニアムシリーズ」第1作。漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワークを主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。時を前後して、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし岩塊は、引き上げ作業中に自力で浮上してしまった。

고질라 연구소의 시노다 유지와 과학잡지 기자 이치노세 유키, 그리고 시노다의 딸인 이오는 고질라가 곧 나타날 것이라고 말하며 피해를 대비한다. 그러던 어느 날, 드디어 고질라가 나타나 온갖 시설을 파괴하고 도시를 불바다로 만든다. 한편 카코시마의 바다에서 나타난 괴우주물체다 UFO로 변신하여 고질라를 공격한다. 흉칙한 모습으로 변한 UFO와 고질라는 일대 전투를 벌이게 되는데...

Japoński naukowiec Shinoda stoi na czele grupy GPN - Godzilla Prediction Network (Grupa Obserwatorów Godzilli - GOG). Próbuje on odgadnąć motywy postępowania Godzilli i przewidzieć, gdzie się ona pojawi. Jego celem jest zbadanie natury potwora i ochranianie go. Tymczasem Godzilla, potężny, niezniszczalny jaszczur wychodzi z kryjówki w głębinach oceanu. Shinoda razem z nastoletnią córką Yo, która pomaga mu w pracach badawczych i z dziennikarką Yuko, która za wszelką cenę chce zrobić zdjęcie Godzilli, podąża jej śladem. Shinoda próbuje powstrzymać Katagiriego, szefa CCI (Crisis Control Intelligence) - Agencji Bezpieczeństwa Narodowego przed zniszczeniem Godzilli. Katagiri postawił sobie za cel jej zabicie, bez względu na konsekwencje. Z dna morza wynurza się też meteor, który ma 60 milionów lat i zmienia się we wrogi Ziemi statek kosmiczny. Ze statku zaś wychodzi Orga - gigantyczne, śmiertelnie niebezpieczne stworzenie. Japonia pogrąża się w panice i w chaosie. Pomóc może tylko Godzilla.

Orga, um terrível monstro alienígena, acorda depois de 6.000 anos adormecido nas profundezas do oceano, e ameaça destruir Tóquio com fúria descomunal. Então, Godzilla ressurge como a única esperança contra essa terrível ameaça e a humanidade, completamente indefesa, só pode torcer para que o planeta fique a salvo após essa grande batalha.

К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла». Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет. Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…

Godzilla combate contra un misterioso platillo volante, que luego se transformará en un enorme monstruo llamado Orga. La batalla final transcurrirá en Shinjuku, un suburbio de Tokio, donde nuestro héroe aprovecha de estrenar su nuevo rayo atómico.

Tokio es reducida a escombros, cuando de nuevo Godzilla lucha contra un objeto volador no identificado.