העלילה הפעם מתמקדת בפוקימון האגדי סלבי, שתפקידו הוא להיות השומר של היער בארבוויל. פוקימון זה ידוע בכוחותיו המופלאים אשר מאפשרים לו לעבור בזמן ובדיוק מסיבה זו צייד פוקימונים מנסה לתפוס את הפוקימון האגדי. רגע לפני התפיסה המיוחלת, נער צעיר בשם סם אוק (פרופסור סמואל אוק לימים) נחלץ לעזרתו של סלבי ויחד הם נמלטים ועוברים 40 שנה קדימה בזמן. אחרי המעבר בזמן סם פוגש את אש קאטשם הצעיר ואת שאר החבורה. במהלך הסרט הם מגלים שגם בעתיד ישנה סכנה קיומית לסלבי וזאת מכיוון שחבר צוות רוקט מנסה לתפוס אותו בשאיפה לשלוט על העולם. אש וסם אז מחליטים להציל את המצב ומגלים שיעור בחברות שתהדהד מעל ומעבר למבחן הזמן.