Un virus capaç d'esborrar totes les dades dels ordinadors només de passar-hi pel costat, i de controlar i manipular tota mena d'aparells elèctrics, ha enviat l'Scooby-Doo, en Shaggy i companyia a dins d'un videojoc on ells mateixos en són els personatges. Al ciberespai, a més d'enfrontar-se a un munt de rivals virtuals, també s'hi trobaran els seus enemics de sempre! La nostra civilització depèn tant de la tecnologia, que el Virus Fantasma és una amenaça per al món sencer! Per aturar-lo hauran de superar 10 nivells cada cop més esgarrifosos! I és que això de resoldre misteris al ciberespai és més terrorífic que mai!