终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现……

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现……

終於達成少年時代的夢想而成為宇宙飛行員的武藏，在參加好朋友務的婚禮時，於塞班島遇上異星人夏烏和吉恩。夏烏和吉恩的故鄉，因為遭受宇宙怪獸山多洛斯的攻擊而被毀滅，他們來到地球的海底世界Blue Area，希望能夠研究出讓故鄉自然再生的方法。然而，山多洛斯卻與此同時派出侵略武器史寇比斯前來地球襲擊，即使連K2護盾都抵擋不住了！威脅一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出現……

It has been a year since Musashi retired from being a Team EYES member and now he is finally pursuing his dream of becoming an astronaut.

夢見る勇気を失わず、少年時代の夢を叶えアストロノーツ(宇宙飛行士)となった春野ムサシ。ムサシが宇宙船で目指したのは聖獣パラスタンが守る緑あふれる星、遊星ジュラン。しかし、遊星ジュランでムサシが見たものは、一面赤い砂に覆われて死の星と変わり果てた遊星ジュランであった。動揺するムサシに赤い地表から突如現れた怪獣兵器スコーピスが襲いかかる。遊星ジュランを死の星にしたのはこのスコーピスであった。スコーピスに殺られると思った瞬間、上空から降臨した眩い光がムサシを救う。眩い光は巨大な人の形へと変化する。ムサシはその人の形を見て驚き叫ぶ「ウルトラマンコスモス!!」。 コスモスに助けられ無事地球へ帰還したムサシは、幼馴染のツトムの結婚式に参加するために常夏の島サイパンを訪れる。結婚式に集まった旧友達との楽しい時間を過ごすしていたムサシは人魚を目撃する。楽しい時間は長くは続かなかった。遊星ジュランを死の星にしたスコーピスがサイパンに飛来し破壊行動を始めたのである。そんな中ムサシが目撃した人魚が海底怪獣レイジャと同化してスコーピスに立ち向かっていく。しかし、スコーピスの圧倒的な力にレイジャは押されっぱなし。堪らずコスモスを呼ぶムサシ。しかしコスモスは現れない。暴れるだけ暴れてスコーピスはあっさりと飛び去った。 ムサシが人魚と呼ぶ不思議な少女はシャウと名乗った。シャウはムサシに「スコーピスは逃げたのでは無い。サンドロスの元へと帰還したのだ。」と告げるのであった。 謎の少女シャウとは?シャウとスコーピスの関係は?スコーピスの背後に不気味に潜むサンドロスとは?地球はジュランと同じく死の星になってしまうのか!?