Die Geschichte spielt während einer Zeit, als sich die Welt in tiefster Verzweiflung befindet. Nachdem ein Gift namens »Shinobi« durch einen Asteroiden auf die Erde gelangte, flohen die Menschen an einen Ort namens »Kairiku«, der sich am Grund des Meeres befindet, um sich vor den Auswirkungen des Giftes zu schützen. In einer solchen Welt gab es nur einen einzigen Hoffnungsschimmer: die heilige Waffe »Giga-Road« und den legendären Krieger »Yagyuu«. Nun reist Ame, die Prinzessin einer gefallenen Nation, durch die Welt, um sie zu retten und das Unheil zu vertreiben.