20世纪末，机器人技术得到飞速发展，通用人型作业机器人“LABOR”在国民建设和军事等领域大显身手，特别是“巴比伦计划”更令LABOR的功用得到彰显。除此之外，LABOR被警视厅引入到犯罪防范中来，随之成立的特车二课巡逻警用机器人（Patrol-LABOR）中队一曾缔造了令人瞩目的辉煌。 　　但是进入21世纪后，经济衰退令LABOR英雄无用武之地，甚至连特车二课也进入了萧索困顿的衰退期。隶属第二小队的泉野明（真野惠里菜 饰）、塩原佑马（福士诚治 饰）、卡莎（太田莉菜 饰）等人，在队长后藤田继次（筧利夫 饰）的带领下，每天只是做些维护保养、训练打扫等无聊琐事，无可奈何陪伴着LABOR走向黄昏。 　　就在毫无征兆的日子里，最新型战斗直升机AH-88J2改“Grey Ghost”被人从自卫队盗走。该直升机配备了融入最前沿科技的光学迷彩，迷彩一旦开启便可进入隐形状态，任何防空系统便全部失去效力。Grey Ghost在喧闹繁华的东京上空长驱直入，如入无人之境。而劫持者将首都一千万平民当做人质，以摧毁彩虹桥为开端，拉开了血洗东京的恐怖行动的序幕。 　　前所未有的恐慌瞬时弥漫东京每一个角落，束手无策的警视厅只能将最后的希望寄托于第二小队的战士们……

在毫無徵兆的一個晴朗日子，一枚導彈筆直飛來，將國際大都會東京都內極具代表性的彩虹橋炸為兩截。該事件在都內引起不小的騷動，此後不久，警視廳公安部外事三課的警部高畑慧（高島禮子 飾）帶著相關視頻資料找到藤田繼次（筧利夫 飾）所統率的特車二課，經分析發現這次襲擊來自於那架自衛隊不久前失竊的新型戰鬥直升機AH-88J2改“灰色幽靈（Grey Ghost）”。經高畑之口得知，該恐怖事件與拓植行人、灰原零（森カンナ 飾）有直接的關係。而在紛亂的實踐中，特車二課則面臨著被撤銷的危險。 　　東京一千萬人口淪為暴動分子的人質，面對前所未有的危機，泉野明（真野惠裡菜 飾）和她的LABOR能否力挽狂瀾？

Op de Rainbow Bridge in Odaiba, Tokio vindt een aanval plaats door de gevechtshelikopter 'Gray Ghost'. 2 dagen eerder was de Gray Ghost gestolen. De daders zijn volgelingen van Yukihito Tsuge. Yukihito Tsuge plande 13 jaar eerder een staatsgreep in Tokio. De leider van Special Vehicle Section 2, Keiji Gotoda, gaat op pad om de terroristen te stoppen.

An attack takes place on Rainbow Bridge in Odaiba, Tokyo by the fighter helicopter `Gray Ghost`. 2 days earlier, the Gray Ghost was stolen. The perpetrators are followers of Yukihito Tsuge. Yukihito Tsuge planned a coup of Tokyo 13 years earlier. The leader of Special Vehicle Section 2, Keiji Gotoda, sets out to stop the terrorists.

Noch ahnt keiner, dass in Tokyo eine neue Katastrophe unmittelbar bevorstehet. Es ist nicht lange her, dass in der Stadt ein heimtückischer Terroranschlag vereitelt wurde. Den Sieg haben die Polizisten der legendären Labor-Division errungen: die SV2, Zweite Abteilung für Spezialvehikel, mit ihrem altgedienten Polizeiroboter AV 98 INGRAM. Doch dann wird durch einen überraschenden Raketenangriff die grosse Regenbogen-Brücke zerstört und das Land erneut in Angst und Schrecken versetzt. Es ist ernst, denn die Polizei erkennt schnell, dass die Raketen von der Maschinenkanone des Kampfhubschraubers ,,Grey Ghost" abgefeuert wurde. Vor einigen Tagen ist dieser spurlos verschwunden - und mit ihm eine der fähigsten Pilotinnen des Landes. Ist das das Werk einer neuen Terrorzelle? Die Zeit drängt ...

人間型ロボット・レイバーの衰退を受け、ついに解隊が現実味を帯びてきた警視庁特車二課パトレイバー中隊。ある日、テロ集団が自衛隊のへリコプターを奪い去るという事件が発生する。しかも、奪われたのは機関砲、空対地ロケット、ミサイルをフル装備した上に、熱工学迷彩仕様で背景と同化ことができる最新鋭の改グレイゴーストことAH-88J2だった。都民を人質にするかのように、東京都庁やレインボーブリッジが破壊され、特車二課はパトレイバー・イングラムを稼働させる。

어느 날 정체 불명의 미사일 공격으로 도쿄 도심과 임해부도심을 잇는 레인보우 브릿지가 폭파되는 사건이 발생한다. 포상휴가 도중 소집된 경비부 특차 2과 패트레이버 중대는 이 사건에 '그레이 고스트'가 사용되었음을 밝혀낸다. '그레이 고스트'는 보이지 않는 전투 헬기로 사건이 일어나기 3일 전 강탈당한 상태로 헬기의 조종사는 여성자위대로는 처음 전투헬기 조종자격을 취득한 하이바라 레이란 인물. 골치덩어리 패트레이버 중대의 고토다 대장은 이 사건을 해결하기 위해 특차2과 멤버들을 레이버 없이 적들의 기지에 불법으로 침투시키기에 이르는데... 도쿄를 위협하는 테러리스트를 막아라! ‘패트레이버’ 시리즈의 최종판! ** ’패트레이버’란? 로봇 형태의 중장비인 ‘레이버’가 산업 전반에 보급된 미래. ‘레이버’ 범죄를 전담하기 위해 결성된 부대. ‘순찰하다’라는 뜻을 지닌 ‘패트롤’(Patrol)과 ‘레이버’(Labor)의 합성어