The devious leader of Team Rocket Organization, Giovanni, has a fervent ambition to take control of the Pokémon world through both financial and military means. To achieve his military needs, he covets a Pokémon stronger and more adept than any other, a veritable living war weapon, so he enlists a scientist named Doctor Fuji to create this being from the DNA of the ancestor of all Pokémon and most powerful of Pokémon, Mew, which Fuji had found on a previous jungle expedition. Fuji accepts, for he is heavily into the prospect of cloning to create and restore life itself, because of his love for his deceased daughter, Amber.

La storia sull'origine di Mewtwo è un corto anime di dieci minuti aggiunto all'inizio di Pokémon: Il Film in tutte le messe in onda televisive in Giappone e negli home video giapponesi dal terzo in avanti; la versione del film che contiene questo corto e le modifiche addizionali in CGI sono conosciute come kanzenban (giapponese: 完全版 versione completa) ed è stata mostrata per la prima volta su TV Tokyo l'8 luglio 1999, mentre la prima pubblicazione su VHS è avvenuta il 12 novembre 1999.

Anche se il kanzenban è stato creato per essere usato poi negli Stati Uniti, la versione cinematografica Nord Americana (12 novembre 1999) ha rimosso il corto, usando comunque le scene del kanzenban per il resto del film invece che le scene della versione cinematografica giapponese.

"A História da Origem de Mewtwo" é um vídeo de cerca de dez minutos que foi excluído do primeiro filme de Pokémon. Ele conta a história do Mewtwo antes da explosão do laboratório da Team Rocket.