As the Killer Priest Shinkai travels around Japan during the Meiji era, he comes to the aid of a village headman fighting corruption from up above. Before he can do anything for the townspeople, he must first face his nemesis, Whipmaster, the blind Priest, a master killer thirsting for revenge.

Le moine Shinkai se déplace autour du Japon pendant l'ère Meiji. Shinkai s'installe avec un groupe de mendiants dans un manoir abandonné. Il fait la connaissance d'un vieille homme qui gère une entreprise de de transport. Ils deviennent amis, mais la société de transport est dans le collimateur d'une société corrompue avec l'aide de la police locale. Le manoir des mendiants est également dans le collimateur.