Шест месеца след събитията в мангата "Yu-Gi-Oh!" Юги Муто и приятелите му са последна година в гимназията и обсъждат бъдещето си. Междувременно Сето Кайба организира разкопки, за да върне разглобения Хилядолетен пъзел от руините на Хилядолетния храм.

本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。

　　在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。

　　在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。

　　武藤遊戲與身體內的另一靈魂法老王「亞圖姆」（闇遊戲）正式道別後，重新回歸平凡的學校生活。但將亞圖姆視為勁敵的海馬瀨人，在消失的地方發掘「千年積木」並打算將其重新完成，試圖再度復活亞圖姆並與他決鬥。海馬集團的挖掘團隊挖出千年積木後，工作遭迪瓦中斷，他與海馬決鬥並取走了積木的兩塊碎片，並將一塊碎片交給他的妹妹塞拉保管，但塞拉將碎片交給武藤遊戲。

　　迪瓦以假名藍神與遊戲等人建立友誼，並注意到遊戲的朋友貘良，他認為貘良殺死了自己的導師夏迪，便使用他的能力將貘良送到另一個次元。貘良對此道歉並解釋自己當時的行為是受到千年智慧輪內的邪神影響而導致。

　　海馬瀨人使用電腦重組千年積木後，發現遺失了兩個碎片，便挾持藍神並告知遊戲、強迫他們參加自己設計的新型決鬥盤的展示會。在展示會上，海馬打算透過決鬥擊倒藍神和遊戲以取得他們手中的碎片，但由於貘良仍在另一次元，遊戲便要海馬讓自己先與藍神決鬥。

　　遊戲擊倒了藍神，讓貘良得以歸來。當遊戲與海馬對決時，遊戲組裝了千年積木並表示亞圖姆的靈魂已不復存在。他們的決鬥被受到千年智慧輪影響的藍神中斷，海馬便和遊戲搭檔挑戰藍神。海馬在決鬥中犧牲自己以保護遊戲，在消失前、他要遊戲一定要讓亞圖姆復活。在決鬥最後、遊戲成功喚出了亞圖姆並打倒藍神，亞圖姆和千年積木在那之後都消失了，而海馬也平安歸來。

　　故事的最後，遊戲等人順利從童實野高中畢業，其青梅竹馬杏子也在機場與遊戲及其他人道別，正式前往美國紐約留學，實現成為職業舞者的夢想，而海馬用他的科技重現了藍神的能力，讓自己的意識去到冥界與亞圖姆見面。

Yugi and Kaiba have a special duel that transcends dimensions.

Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.

Das schicksalsträchtige Duell zwischen Yugi Muto und Pharao Atem wurde entschieden. Die Milleniumsgegenstände wurden unter dem Wüstensand begraben und die Seele des Pharaos fand ihre Ruhe. Yugi und seine Freunde sind zum Alltag zurückgekehrt und bereiten sich auf ihren Schulabschluss vor. Von Ihren Vorbereitungen abgelenkt merken die Freunde nicht, dass der neue, gar unscheinbare, Mitschüler Aigami finstere Pläne verfolgt. Ganz besonders hat Aigami es auf Yugi abgesehen. Als sich Aigamis Pläne eröffnen und sich auch noch Seto Kaiba mit seinen nicht minder eigenwilligen Zielen einmischt kommt es zum Showdown. Yugi, Kaiba und Aigami stellen sich einem Duell, das nicht nur mit neuen Techniken aufwartet, sondern auch das Schicksal der Welt beschließt. Gewinnt Aigami, erreicht er damit sein zerstörerisches Ziel. Kann ihn Yugi aufhalten?

Ο Yugi και οι φίλοι είναι στην τελευταία χρονιά του λυκείου και κάνουν σχέδια για το μέλλον τους. Ενώ ο Kaiba προσπαθεί να ανακτήσει το Παζλ της Χιλιετίας και να επαναφέρει το πνεύμα του Φαραώ Atem με σκοπό να τον αντιμετώπισει για μια ακόμη φορά. Στο μεταξύ, ένα μυστηριώδες αγόρι κάνει την εμφάνισή του και μαζί μια νέα απειλή για τους ήρωές μας, αλλά και για ολόκληρο τον κόσμο!

A film egy eredeti történetet mutat be, benne Muto Yugival és Kaiba Setoval mint a két főszereplővel. A film cselekménye az eredeti manga vége után játszódik.

Yugi Muto e i suoi amici sono all'ultimo anno di liceo e stanno decidendo cosa fare in futuro. Nel frattempo Seito Kaiba ha commissionato degli scavi per recuperare i pezzi del Millenium Puzzle, nella speranza di far rivivere l'anima del suo rivale Atem per far aumentare il proprio punteggio. Ma gli scavi vengono interrotti da Diva, che sfida Kaiba a Dual Monsters. Yugi e Kaiba si sono già scontrati diverse volte in passato ma nel nuovo duello metteranno in gioco l'orgoglio e tutte le esperienze passate.

千年パズルを完成させたことにより、≪闇遊戯≫という、もう１人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。海馬コーポレーションの社長にして決闘者(デュエリスト)の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去との因縁により、もう1人の自分との闘いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へ旅立つこととなった--。そうして、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。その前に現れた謎の少年≪藍神(あいがみ)≫。そして、世界中で次々と起こる謎の失踪事件。ただひたすら千年パズルを探し求める海馬。すべてのピースが合わさるとき、再び決闘（デュエル）の幕が切って落とされる！

천년 퍼즐을 완성시켜 '어둠의 유우기'라는 또 다른 인격을 깨운 무토우 유우기. 카이바 코퍼레이션의 사장으로서 듀얼리스트의 정점에 군림한 카이바 세토와 동료들과의 수많은 사투를 벌였지만, 과거의 인연으로, 또 다른 자신과의 싸움을 피하지 못하고, 유우기와 어둠의 유우기는 마침내 결별하고 각자의 길로 떠나게 되었다. 그렇게 어둠의 유우기와의 마지막 듀얼을 끝내고 일상을 되찾은 것처럼 보였던 유우기 일행. 그 앞에 나타난 수수께끼의 소년 '아이가미'. 그리고 전세계에서 벌어지는 수수께끼의 실종 사건. 그저 한결같이 천년 퍼즐을 찾아다니는 카이바. 모든 조각이 합쳐질 때, 또 다시 결투의 막이 열린다!

A história decorre seis meses após os eventos originais do mangá Yu-Gi-Oh!, Mutou Yugi e seus amigos estão no último ano do ensino médio e conversam sobre o que irão fazer no futuro. Enquanto isso, Kaiba Seto comanda uma escavação para recuperar as peças do Quebra-Cabeça do Milênio das ruínas da câmara do Milênio. A relíquia anteriormente continha a alma de seu rival, Atem, que ele espera ressuscitar para o enfrentar. A escavação é interrompida por um homem misterioso, que enfrenta Kaiba numa partida de Monstros de Duelo e rouba duas peças do Quebra-Cabeça. Qual é seu verdadeiro motivo? As apostas nunca estiveram tão altas; as rivalidades nunca tão ferozes; os riscos nunca tão grandes.

Yu-Gi-Oh! O Lado Negro das Dimensões continua a saga do jovem que remontou o Enigma do Milênio e divide seu corpo com o espírito de um antigo Faraó, arco inicado na série Yu-Gi-Oh!. O filme segue Yugi Moto e seu rival Seto Kaiba em um novo duelo que botarão sua experiência à prova, uma batalha que transcenderá as dimensões.

Yugi Muto y sus mejores amigos están en su último año de escuela secundaria y están hablando de lo que van a hacer en el futuro. Mientras tanto, Seto Kaiba ha encargado una excavación para recuperar el Rompecabezas del Milenio desensamblado de las ruinas de la cámara del Milenio. El tema había albergado el alma de su rival, Atem, quien espera revivir el fin de resolver su puntuación. La excavación se ve interrumpida por la diva, que se enfrenta a Kaiba en un juego de los monstruos del duelo y roba dos piezas del rompecabezas. Se mantiene una sola pieza para sí mismo y le da al otro a su hermana, sueros, que pasa a Yugi Muto.

Yugi y discuten acerca de su futuro al teminar la secundaria. Mientras tanto, Seto Kaiba ha encargado una excavación para recuperar el Rompecabezas del Milenio desensamblado de las ruinas de la cámara del Milenio para tener el duelo final con su rival Atem el Faraón. Todo se complica cuando Aigami, un nuevo compañero de clase aparece y parece ser más de lo que aparenta.

หลังจากการประลองกันของ “มุโต้ ยูกิ” และ “ฟาร์โรห์อาเทม” ได้สิ้นสุดลง ซึ่งสุดท้ายแล้วมุโต้ ยูกิได้รับชัยชนะ และอาเทมได้ลาจากไป ทำให้ตัวของ “ไคบะ เซโตะ” นั้นก็ มีความพยายามที่จะฟื้นคืนชีพให้กับ “ฟาโรห์อาเทม” หรือ “ยูกิด้านมืด” เพื่อที่จะได้ดูเอลชิงความเป็นผู้ชนะอย่างจริงกันอีกครั้ง รวมไปถึงทางบริษัทไคบะ คอร์ปเปอเรชั่น ได้พัฒนาเครื่องเล่นการ์ดเกมรุ่นใหม่ที่เรียกว่า “Duel Disk Virtual Reality” ที่สามารถเล่นการ์ดเกมและสร้างภาพของมอนสเตอร์ได้อย่างเสมือนจริงยิ่งกว่าเดิม จนกระทั่งปรากฏตัวของเด็กหนุ่มที่มีชื่อว่า “ดีว่า” ฝีมือการดูเอลที่ร้ายกาจผู้วางแผนการบางอย่างอันสามารถสั่นสะเทือนโลกได้ทั้งใบ จุดประสงค์ของดีว่าอะไรกันแน่?