Cuando por accidente se transportan a la Era Jurásica, Las Tortugas Ninja deben encontrar su camino a través de los dinosaurios prehistóricos para poder regresar a casa mientras se enfrentan a unos peligrosos alienígenas del futuro que tienen un plan nefasto para ellos. Además que las cosas se complican aún más con la llegada de Triceratons, Bebop y Rocksteady.