Conan, Ran, Kogoro, il dottor Agasa, Sonoko, Ai e i detective boys si trovano a bordo della nave Aphrodite, una crociera del gruppo Yashiro nel suo viaggio inaugurale. La vacanza viene però rovinata da un duplice omicidio, collegato all'affondamento di una nave del gruppo Yashiro avvenuto quindici anni prima.