妖怪信箱中新到了一封来自女孩风祭华的求救信。最近，她的周遭连续发生奇怪事件。在鬼太郎一行赶到前，华被妖怪镜爷拖进了镜子里。接着镜爷又把鬼太郎的同伴分散吹到了全国各处，并将鬼太郎关进了镜中世界。鬼太郎历尽艰辛才从镜中世界里逃了出来。

　　远古时阎魔大王封印的野斗神觉醒了，他拥有凌驾于一切妖怪之上的强大力量。而风祭华正掌握着野斗神复苏的关键。知道了真相的鬼太郎决心守护少女华，拯救日本。四十七名妖怪汇集到一起，展开了一场前所未有的妖怪大战……

風祭華是名高中女生，最近為了發生在身旁的奇怪現象而煩惱、於是想到小時候奶奶教她遇到這種事情可以求助「鬼太郎」，因此她寫信去向鬼太郎求救。 但在鬼太郎知道前、小華就被鏡子爺爺抓走、還讓她的家人失去對小華的記憶。而鬼太郎也被關進了鏡子世界、同伴們也被送到全國各地。 好不容易鬼太郎和小華終於逃了出來、但因為被家人所遺忘的衝擊，使小華的心中有了希望讓世界消滅的想法、結果造成了妖怪們開始產生異變。另外一方面、即使是能力高強的閻魔大王都會害怕的古代妖怪夜刀神也打算要復活並且毀滅整個日本....。

Movie based on the 2007 TV anime with an original plot.

水木しげる原作の国民的アニメーション「ゲゲゲの鬼太郎」が、待望の初長編アニメ映画化！劇場映画ならではのかつてない壮大なスケール&バトルアクション！