蛇王是由眼镜蛇科学家光头博士创造出来意欲代替眼镜蛇指挥官的人造人。他体内包含了成吉思汗、恐怖伊凡、拿破仑、凯撒等众多历史上注明军事家、统治者的DNA。这使得蛇王比眼镜蛇指挥官要高明许多。但是也有副作用，蛇王自身的情绪极不稳定经常冲动地做出一些愚蠢的决定。蛇王和眼镜蛇指挥官永远互不信服！

After yet another defeat inflicted by G.I. Joe, the immediate subordinates of Cobra's leader, Cobra Commander, have finally come to the end of their patience with his apparent incompetence and his inability to achieve real victories. The leader of the research and interrogations wing, Dr. Mindbender, receives a dream showing the solution. His plan is to collect the genetic material of great warriors and military leaders to create a composite clone that would be the perfect leader for Cobra. Now they set out to put this scheme into motion, and G.I. Joe has very little time to learn of this plot before Cobra becomes that much more a dire threat to the world.

G.I.'den etkilenen bir yenilginin ardından. Cobra'nın lideri Kobra Komutanı'nın en yakın astları Joe, görünürdeki beceriksizliği ve gerçek zaferler elde edememesi nedeniyle nihayet sabırlarının sonuna geldi. Araştırma ve sorgulama kanadının lideri Dr. Mindbender, çözümü gösteren bir rüya görür. Planı, Kobra için mükemmel lider olacak kompozit bir klon yaratmak için büyük savaşçıların ve askeri liderlerin genetik materyalini toplamaktır. Şimdi bu planı uygulamaya koymak için yola çıktılar ve G.I. Cobra'nın dünya için çok daha büyük bir tehdit haline gelmesinden önce Joe'nun bu komployu öğrenmek için çok az zamanı var.