Po osiedleniu się w Green Hills, Sonic jest gotów na więcej swobody, a Tom i Maddie zgadzają się pozostawić go w domu, podczas gdy oni wybierają się na wakacje. Jednak zanim wyjadą, Doktor Robotnik powraca, tym razem ze swoim nowym pomocnikiem, Knucklesem, poszukując szmaragdu, który ma moc, aby zarówno budować jak i niszczyć cywilizacje. Sonic łączy siły ze swoim nowym przyjacielem, Tailsem, i wspólnie wyruszają w podróż, aby znaleźć szmaragd, zanim wpadnie w niepowołane ręce.