Maebara Keiichi, un adolescent, a récemment emménagé avec sa famille de la ville vers la campagne, dans le village de Hinamizawa. Il s'habitue assez vite á sa nouvelle vie, se fait des amis dans la toute petite école, joue à des jeux et passe du bon temps, quand un meurtre épouvantable se produit. Le mystère commence à s'éclaircir — remontant à des événements s'étant produit 5 ans auparavant. Au fur et à mesure que Keiichi en apprend plus sur ces événements, il se demande s'il sera capable de faire face à la vérité cachée derrière tout ça.