A high school student who comes across a supernatural notebook, realizing it holds within it a great power; if the owner inscribes someone's name into it while picturing their face, he or she will die.

名前を書かれた人間は死ぬという「デスノート」。その持ち主の死神リュークは、名前を書いては人間を殺すという毎日に飽き飽きしていた。そこで、代わりに人間に名前を書かせることを思い立ち、天界から人間界にノートを落とす。果たして、ノートを拾ったのは成績優秀な高校生・夜神月だった。半信半疑でノートを使った月はその威力に恐怖するが、やがて自分が理想とする社会を作るため凶悪犯の粛清を決意。人知れず犯罪者たちを死に追いやっていく。やがて月は、一部の人々から救世主キラとしてあがめられるようになる。

一方、この不可解な事件を解決するために、警察は世界屈指の名探偵Lに捜査を依頼。キラに警察の捜査情報が漏れていることに気付いたLは担当刑事・夜神総一郎の息子、月に注目する。月は捕まる前にノートにLの本名を書き殺害しようと画策。2人の熾烈な戦いが始まる。