Gazeteci Haluk Şahin'in oğludur. Amerika'da Emerson College'da film eğitimi aldı. Öğrenci filmi Fetish ile, öğrenci Oskarları olarak bilinen EVVY ödüllerinde En İyi Film ve En İyi Kurgu ödüllerini kazandı. Los Angeles'a taşındıktan sonra Şahin, senede bir kişinin kabul edildiği Panavision'da stajyerlik yaptı ve dünyanın ileri gelen görüntü yönetmenleri ile çalıştı. Daha sonra ABC, ABC Family, MTV, VH1, The History Channel, Discovery Channel, Travel Channel, Food Network ve TLC gibi kanallarda gösterilen pek çok programda yönetmenlik, görüntü yönetmenliği ve kurgu yaptı. Hollywood'da yaşayan yeni kuşak Türklerden Emre Şahin, ikinci kısa filmi "Çanta" ile Beverly Hills Uluslararası Film Festivali'nde 'En İyi Sinematografi' ödülünü aldı. 2009 yılı sonbahar ayında vizyona giren, yönetmenliğini yaptığı "40" filmi ile 46. Altın Portakal Film Festivali'nde "Genç Yetenek" ödülü aldı.