Jennifer Morrison urodziła się 12 kwietnia 1979 roku w Chicago, Illinois, USA. Ma młodszą siostrę Julie i młodszego brata Daiela. Uczęszczała do liceum Prospect High School w Illinois gdzie śpiewała w chórze, grała na klarnecie w orkiestrze maszerującej i była cheerleaderka. Po ukończeniu liceum w 1997 roku rozpoczęła studia na Loyola University Chicago. Gdy w 2000 roku ukończyła je, przeprowadziła się do Los Angeles.

W wieku 15 lat w 1994 roku pierwszy raz pojawiła się na ekranie w filmie "Na rozstaju", gdzie zagrała córkę Richarda Gerea i Sharon Stone. Następnie w 1999 roku wystąpiła w horrorze "Opętanie" jako Samantha Kozac. Pierwszą główną rolę zagrała w 2000 roku w filmie "Ulice strachu 2: Ostatnia odsłona" jako Amy Mayfield. Od tej pory pojawiała się w wielu serialach i filmach.

W 2004 dostała jedną z głównych ról w serialu "Dr House" jako Dr Allison Cameron. Na planie serialu poznała Jessego Spencera. W 2006 roku razem zagrali w filmie "Flourish", którego współproducentką była Jennifer. 23 grudnia 2006 roku Spencer oświadczył się Jennifer na wieży Eiffla w Paryżu.

W 2007 roku aktorka pojawiła się w grze komputerowej "Command & Conquer 3: Tiberium Wars" jako Kirce James - GDI Intelligence Officer.