Joaquin Rafael Bottom 1974. október 28-án született született Puerto Ricóban. Négy testvére van, River (elhunyt 1993-ban), Summer, Liberty, Rain, mindegyikük színész. Szülei tagjai voltak a Children of God nevű szektának és Joaquin gyermekkorában beutazták egész Dél-Amerikát, közben azoban a gyerekek nem kaptak megfelelő oktatást. Miután szülei otthagyták a szektát, Los Angelesben telepedtek el.

A mozivásznon az Űrtábor (1986) című filmmel debütált volt, majd szerepet kapott az elsöprő kritikai sikereket arató, Steve Martin főszerelésével bemutatott Vásott szülőkben (1989). Ezt követően egy időre felhagyott a színészkedéssel, és apjával beutazta Dél-Mexikót. 1993-ban került ismét a figyelem középpontjába, amikor bátyja, River, a karjaiban halt meg drogtúladagolásban. A tragédia után egy évre teljesen elvonult a nyilvánosság elől.

1994-ben kezdett újra forgatni, olyan filmekben kapott szerepet, mint a Majd\' megdöglik érte (1995), a 8 milliméter (1999) vagy az 5 Oscar-díjas Gladiátor (2000).

Az ezredfordulót követően Hollywood egyik legsokoldalúbb drámai színészeként tartották számon, láthattuk a Jelek (2002), A falu (2004) és Hotel Ruanda (2004) című produkciókban is. 2005-ben Johnny Casht alakította A nyughatatlan című filmben, amelynek kedvéért énekelni és gitározni is megtanult. Emlékezetes alakításáért Golden Globe-díjat kapott, énekhangja pedig Grammy-díjat ért.

Legutóbbi filmjei a Philip Seymour Hoffman nevével fémjelzett The Master (2012) és az Oscar-díjas A nő (2013), mindkét alkotás remek kritikai fogadtatásban részesült.

A '90-es évek elején 3 évig járt Liv Tylerrel, azóta több rövidebb kapcsolata is volt. Vegetariánus és sokat jótékonykodik, illetve önkéntes munkát is vállal különböző humanitárius szervezeteknél.