Nhiều năm sau sự kiện của Inuyasha, Towa, cô con gái 4 tuổi của Sesshōmaru bị tách khỏi em gái sinh đôi Setsuna và bị mắc kẹt ở thời hiện đại rồi được nhận nuôi trong gia đình Kagome và được nuôi dưỡng bởi em trai Sota và vợ anh Moe.

Mười năm sau, Towa đoàn tụ với Setsuna, người đã đến thời hiện đại thông qua sức mạnh khổng lồ của Cây Thời đại. Trong thời gian xa cách, Setsuna trở thành một sát thủ giết quỷ làm việc dưới quyền của Kohaku và không nhớ quá khứ của mình. Để khôi phục ký ức cho Setsuna, họ đã tham gia vào một cuộc phiêu lưu cùng với người em họ Moroha, cô con gái tuổi teen của Inuyasha và Kagome Higurashi và cũng không còn nhớ gì về cha mẹ mình.

Tinh linh Cây Thời đại đã tiết lộ cho bộ ba rằng kẻ thù cũ của ông nội quỷ-khuyển của họ đang lên kế hoạch làm cong thời gian kể từ khi Sesshomaru từ chối chiến đấu với hắn. Đồng thời, hắn đang giam giữ một Rin trưởng thành bị đông lại giúp cho Sesshomaru mà không rõ lý do.