시리즈 첫 화. 부하들이 스타플릿의 비밀 임무 수행 중 실종되자 파이크 선장은 사임 의사를 철회하고 돌아온다.

U.S.S. 엔터프라이즈호는 탐사 임무 중 거주민이 있는 행성과 충돌하게 될 혜성을 발견하고 궤도를 바꾸려 하지만 혜성 표면에 묻힌 고대 외계인의 유물이 이를 방해하는데.

U.S.S. 엔터프라이즈호는 함선을 무력화시키는 감염원과 마주한다. 넘버원 우나 친-라일리를 제외한 승무원 전원이 한 명씩 감염되자 우나는 치료제를 찾기 위해 감춰뒀던 비밀을 드러낼 수밖에 없게 되는데.

U.S.S. 엔터프라이즈호는 보급품 전달을 위해 식민지 행성을 찾았다가 미지의 악의적인 세력으로부터 공격을 당하는데.

스팍은 약혼녀 트프링과 카트라 의식을 치르다가 영혼이 뒤바뀌는 황당항 상황을 겪고, 파이크 선장은 특이한 외계 종족과 중요한 협상에 나서는데.

풍요로운 마잘리스 행성에 닥친 위협으로 인해 파이크 선장은 잃어버렸던 일생의 사랑과 다시 만난다. 파이크 선장은 음모로부터 그녀와 신성한 아이를 지키기 위해 돕지만 과거의 미련과 마주하게 되는데.

U.S.S. 엔터프라이즈호 대원들은 위험한 인도주의 임무를 수행하는 동안 사분면에서 가장 악독한 해적들과 끔찍한 힘의 게임을 벌이게 된다.

U.S.S. 엔터프라이즈호는 외계 의식체가 살고 있는 조니시아 성운에 발이 묶여 버리고 모든 승무원들은 동화 속 세상에 갇히는데.

U.S.S. 엔터프라이즈호의 상륙조 대원들은 굶주린 적이 도사리는 황량한 행성에 발이 묶이면서 악마 같은 괴물과 마주하는데.

시리즈 마지막 화. 파이크 선장은 자신의 운명을 피할 방법을 고민하지만 그 선택으로 초래될 결과를 보여 주러 온 미래의 자신과 만나게 되는데.