九重天坍塌，九通猿猴借众神补天不在其位之际，命妖界找寻三大神器。万妖窟公主玉冰心夜袭周元城，威逼不周山山神周玉关交出三大神器之一的撑天柱，周玉关前往踏梅弱水囚牢求请五百年前被关押在此的神猴相助，不料神猴早已厌世。周玉关救下被典狱司暗下杀手的神猴，自己魂飞魄散。周玉关的牺牲令神猴动容，决定闯出弱水前去救百姓。地藏菩萨出手助他，并派遣谛听跟随在其左右监督神猴。二人赶至周元城，击败玉冰心救下了百姓。

万妖女王担忧玉冰心的万妖之血被人觊觎而将其软禁。神猴发现自己失去了法力，谛听提议利用撑天柱的力量找回法力，于是神猴接受了城主感谢宴的邀请，然因自己的身份被众人质疑怒而离席。明月谛听在城门楼找到了独自忧郁的神猴，表示自己相信他所言，并再次邀请他回城。然就在神猴离城之际，巫王秦禹城奉命再屠周元城，以百姓性命逼问神猴撑天柱的下落不得，无情杀死了明月。谛听为救百姓声称二人知道开启不周山封印的搬山令下落。

秦禹城捆绑众人来到不周山，谛听以假搬山令换取百姓性命，不料秦禹城出尔反尔肆意屠杀百姓，无影组织首领东方陌及其二弟钟离赶来周旋。神猴发现自己身上藏有真的搬山令，他打开不周山封印，接收了巨大法力迅速变强，将不周山化为撑天柱，一举击败秦禹城。万妖女王命手下向其兄秦禹楼致歉，告知此行皆为九通猿猴的指示。东方陌钟离为招揽神猴跟随他至神猴山，一心崇拜神猴的玉冰心为找到撑天柱请功，逼迫手下将她带出，前往神猴山。

秦禹楼得知弟弟被杀，不接受万妖女王的致歉，其手下电，伺机夺取万妖之王的位置。神猴谛听二人于驿站落脚，东方陌、钟离及玉冰心也聚集在此，不料驿站被无形蜉蝣附身的百姓占领。神猴救下险被附身的玉冰心，却也意外吸入蜉蝣而昏厥。苏醒后双眼突显金光，谛听才明白无形蜉蝣为神猴太古金睛所化。众人抵达神猴山，却发现此处因秦禹楼生灵涂炭。经东方陌调查，秦禹楼此举是为抓走神猴山七灵于端午祭刀，众人决定合力救回七灵。

因玉冰心作为神猴的忠实暗恋者，同为复仇，二人不再争锋相对。次日，神猴等人借玉冰心身份混入了水脏洞，秦禹楼正将七灵法力渡入炽焰刃。为救七灵，玉冰心为神猴挡下了必死一刀，被秦禹楼所抓。神猴伤重，东方陌带神猴等人混入万妖窟，找到他幼时相识的妖医桑槐救治，得知神猴已无法支撑女娲石珠。桑槐实为九通猿猴手下，早已将他们的行踪报与九通猿猴，九通猿猴怀疑“周玉关”与神猴有渊源，命桑槐伺机探查“周玉关”真实身份。

神猴等人在万妖窟被云归阻截，云归探入神猴神识寻找玉冰心下落。桑槐助二人躲过了万妖窟追捕，借机探查，发现“周玉关”果然是神猴。万妖女王得知玉冰心被秦禹楼所伤，欲借神猴之手除去秦禹楼，撤回了追兵，神猴等人安然离开了万妖窟，欲救回玉冰心。然秦禹楼为无人匹敌，寻找黑龙鳞和开天斧已久。秦禹楼带着玉冰心找到了清风崖，神猴救下玉冰心无处可逃，只有带她从清风崖跳下。在崖底，神猴听到了某种声音的召唤，误入清风观。

秦禹楼追来清风观，众人在小道士玄霜的帮助下避开了秦的追捕，但玉冰心还是被抓。混乱之际，神猴听到乾元棍呼唤，玄霜带神猴来到乾元棍封印之处。五百年后，神猴与乾元棍终相见，打败秦禹楼。万妖女王挟持东方陌等人，向神猴要撑天柱与玉冰心，神猴交付，自己却又昏厥。神猴被带回万妖窟，始终昏迷不醒，玉冰心早已芳心交付，向万妖女王求来千年雪莲救治，神猴终苏醒，但全身经脉受损。玉冰心向其表白心迹，神猴却顾左右而言他。

万妖女王设宴酬谢神猴，宣布神猴将成为万妖窟女婿，神猴以阻止九通猿猴寻找开天斧为由拒绝婚约，玉冰心伤心出走。一行人前往月隐峰寻找重塑经脉之法。玉冰心则在神猴山等神猴一个承诺。众人接到重伤的钟离，钟离将信和自己的罗盘交与东方陌后便死去。从信中东方陌得知父亲出事，而归宗剑为东莱岛的钥匙，被钟离送出了山庄。一行四人潜入万宗山庄，发现东方述的踪迹，却不料东方陌的大师兄叶非迟早已与桑槐勾结，四人被瓮中捉鳖。

东方陌欲拿破剑柄交换东方述，叶非迟却觉自己被戏弄，将东方陌重伤。东方述告知东方陌归宗剑只有东方家的血脉才能显现真形。神猴东方陌二人配合打败叶非迟，救下东方述。通猿猴怀疑桑槐移情东方陌，怒罚桑槐，亲自出马，抢回了撑天柱，骗走了归宗剑。事到临头，东方述才告知众人，东莱岛是开天斧所在之地，自己曾是开天斧的守护者，拿到归宗剑便能打开东莱岛的大门。为阻止九通猿猴，东方述耗尽毕生功力送神猴等人进入东莱岛。

四人踏上东莱岛，遭遇守护者龙修的袭击，然龙修在看到归宗剑后停止了阻挠，放四人上岛。四人入岛，纷纷陷入幻境，被唤起内心最脆弱的一面，在神猴坚定的意志下，助众人渡试炼。九通猿猴也通过了幻境的考验。守护者宛童开启了盘古大帝的第二关试炼，二猴进入梅花阵，九通猿猴拿到一把金光闪闪的战斧，而神猴选到一把破败的砍柴斧，神猴难敌，东方陌拔出归宗剑被战斧震碎，千钧一发，归宗剑的碎片与砍柴斧合二为一形成崭新的开天斧。

九通猿猴吸食了桑槐的所有法力，从神猴手中抢下真正的开天斧，神猴因身体透支被一击而死，九通猿猴用开天斧将众神关入另一个空间，世间一时暗无天日。谛听告知玉冰心有万妖之血神猴便可以魂归金身。玉冰心义无反顾牺牲，换得神猴重生。九通猿猴与神猴再次陷入激战，但二人谁也杀不了谁。天尊出现，为二人开启最后一道阴阳试炼，二人终于顿悟他们从来都是一心同体，没有真假。天尊许诺神猴一个愿望，神猴选择了继续他中断的人生。