かつて世界は魔族に蹂躙され、人類は滅亡の危機に瀕していた。その魔族を倒すため、人間の祈りから生まれた韋駄天と呼ばれる戦いの神。彼らは魔族を封印し、世界に平和をもたらした。それから約８００年――韋駄天のハヤトは師匠・リンの教えの下、魔族が復活した時に備えて修行に明け暮れていた。そんな中、北の大氷河地帯に帝国ゾブルの軍人が集まっているという情報を得たため、同じく韋駄天のイースリイ、ポーラとともに現地へ赴く。

魔族の復活を受け、イースリイとポーラはハヤトとともにリンの下での修行を開始する。しかし想像を遙かに超えるリンの厳しい修行により早くも挫けそうになる。同じ頃、侵略を続けるゾブル軍の最前線で指揮をとっていた陸軍大将の魔族・ピサラにオオバミ博士から緊急帰還命令が下る。

魔王の正体は魔族をベースとして発生した韋駄天ではないかと考察するイースリイとプロンテア。一方、仲間になったピサラ、ネプト、コリーとの修行に明け暮れるハヤトは体重の使い方を習得し、戦闘力を高める。同じ頃、ゾブル帝国ではミクが韋駄天の弱点を探り始めていて――。

無人島で逃亡生活を続けていたバズとメリアノだったが、生まれた子供を制しきれなくなりゾブル帝国へと戻る。一方のハヤトとポーラ、ギルら韋駄天たちは日々修行に明け暮れていた。そんな中、ミクはロボットを使ってオオバミと連絡を取ることに成功する。