太后命人在文渊阁放火，企图烧毁《永乐大典》内藏的秘密，可是《永乐大典》却被金镇南趁机盗走。多年后，大盗「百变狐狸」五人受托往镇南镖局偷取物件，丁叮当溜到藏宝室惊见大猩猩看守，幸得被困藏宝室的秦剑相救。

叮当守诺，返回镇南镖局救出秦剑和大猩猩，其后丁松邀秦剑加入「百变狐狸」。叮当替秦剑剪发、剃面毛后，惊讶秦剑样貌俊朗。方正设置机关捉拿偷入平安大押的小偷，却被钱钱误事；叮当追贼至花满楼，但失去对方踪影。

江湖中人觊觎百变狐狸从镇南镖局偷来的《永乐大典》，毒手鹰王与丁松、秦剑交手时，其子突然吐血，秦剑提议鹰王废了儿子的武功来救他。毅力、叮当、秦剑护送《永乐大典》到京城时，钟情秦剑的喀丽丝设计引秦剑相见。

四皇爷派人与毅力、叮当、秦剑接头，并邀三人往东王府作客，秦剑被迫与侍卫总管文达比剑，文达不敌，皇爷要他自残一臂。东厂首领袁啸天要为文达讨回公道，幸叮当请求皇爷派人为秦剑解围；叮当答应为皇爷找书生孙岚。

四皇爷要孙岚鉴证《永乐大典》后，要叮当潜入皇宫偷取太后墨宝，才肯释放秦剑等人；孙岚要求与叮当同进宫，皇爷答允。叮当阻止宫女葵盈投井自尽，后得知她与皇上两情相悦，却被皇爷逼婚，叮当决助她来换取太后墨宝。

太后、皇上来谢叮当，叮当趁机要求得到太后墨宝；孙岚认出《永乐大典》中的情诗是太后的字迹，叮当因而洞悉四皇爷欲揭发太后的私情，遂与孙岚施计瞒骗皇爷。丽丝苦缠秦剑，秦剑使计激走她。丁松迷恋茜茜，钱钱不快。

钱钱哭诉被丁松冷待，把丁松骂走；毅力等人偷听到二人对话，担心不已。秦剑怀疑茜茜接近丁松另有目的，却未有头绪。茜茜试探钱钱是否百变狐狸不果，忆起亡夫被百变狐狸杀害往事。丽丝昏倒在平安大押前，被丁松发现。

丽丝、毅力分别向秦剑、叮当示爱失败，二人在街头相拥痛哭。茜茜约见自称百变狐狸的人，丁松同往拆骗局，更自揭真正身份。秦剑告知叮当其往事及加入百变狐狸的原因。钱钱与丁松再为茜茜而争吵，拉扯间丁松推倒钱钱。

茜茜欲杀丁松时，却从丁松口中得悉平安大押内的人全是百变狐狸。叮当向钱钱坦承已爱上秦剑。丁松以为自己酒后乱性，决意娶茜茜，钱钱气愤扬言要离开百变狐狸，叮当等人劝她留下同对付茜茜。孙岚来找叮当，丁松不满。

丽丝利用毅力来刺激秦剑，却让毅力误会。茜茜找师兄帮忙，计划将百变狐狸一网成擒。钱钱接获生意，遂派叮当和秦剑前往救人，叮当误触机关，二人有惊无险。孙岚被误认是方正遭掳走，毅力、方正等前往营救，却遇埋伏。

丁松洞悉茜茜的诡计，发毒誓否认杀了其夫。毅力难以接受丽丝利用他来刺激秦剑，在雨中哭泣呼喊。丁松挽留茜茜，并向她示爱，茜茜难过。叮当失踪，事前原来遭秦剑拒爱。众人遍寻不获，丁松说出把叮当嫁给找到她的人。

叮当找孙岚散心，并陪他赴京考科举。毅力和方正寻叮当至宝荣斋，遇上孙岚的青梅竹马方婉君，三人同往找叮当和孙岚。秦剑被派往助许博学考取状元，因而得知博学是受四皇爷指派往考功名。叮当与孙岚投栈，竟遇见秦剑。

毅力先后向婉君、叮当示爱，皆遭拒。丞相与众考生吟诗作对，孙岚才华出众，丞相赞赏。毅力和方正到丞相府工作，暗中视察环境，好让秦剑拟定偷取试题的方法。四皇爷得知孙岚的才华胜过其安插的考生，遂命人对付孙岚。

广东会馆被人放火，叮当看见孙岚安然无恙，激动得拥抱着他。秦剑、叮当与毅力、方正里应外合到丞相府偷取试题，却被侍卫发现，幸最后成功逃脱。叮当将试题交给孙岚，孙岚竟将试题公诸于世，幸被丞相审问后释放赴考。

叮当无意中看见《孙岚日记》，感到心甜。博学交白卷，秦剑却保证他一定金榜题名。毅力潜入丞相府，易容成丞相的模样，将博学的试卷偷龙转凤。放榜日，博学成为状元，孙岚只入选进士。孙岚向叮当求婚，叮当不知所措。

夏豹及杜蛇欲委托百变狐狸从苏州官库偷运出一千万両黄金，丁松拒接生意后，平安大押被人纵火，丁松不知所终。叮当为情苦恼，钱钱质问秦剑是否爱叮当，秦剑坚决表明不爱。孙岚衣锦回乡，婉君开口要孙岚娶她为妻……

孙岚向婉君表明自己钟情叮当后，留信离去。丁松发现夏豹及杜蛇是锦衣卫，又找到了茜茜，更分析啸天因喜欢她而杀死其夫。毅力易容成叮当的模样来拒绝孙岚的提亲，惜失败。啸天向茜茜表白，此时丁松潜入东厂有所行动。

丁松放火烧东厂后往找茜茜，并指证啸天是茜茜杀夫仇人，更迫啸天使出杀人招式「黄蜂尾后针」。茜茜执意报仇，割脉自杀，要啸天永远得不到自己。苏州官库失窃，孙岚缉拿酒后自认是百变狐狸的丁松，丁松对他另眼相看。

秦剑、毅力等助孙岚调查苏州官库失窃案。啸天率众捣乱花满楼后，与秦剑交手，秦剑不敌险被杀。秦剑等擒获偷金的杜蛇，杜蛇答应供出案件幕后主谋，可是其后杜蛇在狱中被杀。证人杜蛇死了，案件告一段落，丁松被释放。

孙岚再次向叮当提亲，众人意见不一，秦剑提议以投票来决定，最终孙岚如愿以偿。啸天强要与丁松决斗，丁松被他踢出大海，不知所终。叮当担心丁松的安危，向秦剑哭诉，并倚偎在其肩膀，秦剑怕对叮当生情，即急忙避开。

秦剑鼓励孙岚再向叮当提亲，并赞成二人早日成婚，叮当因秦剑拒认爱她，终答应婚事。成亲日，叮当抱着秦剑，哭着约定和他私奔。叮当在私奔地点等秦剑，却惊见孙岚来至，她向孙岚表明另有心上人，孙岚竟表示并不介意。

孙岚顺利与叮当成婚。秦剑误中丽丝的布局，被她用手铐铐着两人的手。四皇爷在民间制造异象石碑，指当今天子不是正统，更欲找孙岚向皇上解释碑文，藉此除去孙岚。丽丝苦缠秦剑，被毅力痛斥，丽丝难过得拥着毅力痛哭。

秦剑再表明不爱丽丝后，毅力误以为正在晾衫的丽丝为情自杀而上吊。孙岚奉命到殿前解说碑文，幸皇上已洞悉异象石碑是四皇爷的奸计，故命丞相劝孙岚推翻之前所说，改解说碑文为上天勉励皇上的美言，孙岚拒绝而被收监。

秦剑投靠啸天，啸天要他接招才让他留下；秦剑成功过关。毅力和方正接获生意，受托将一块石头搬入古墓。毅力借醉向丽丝示爱却醉倒，醒后，丽丝已回蒙古，并留信向毅力表白，毅力后悔不已。孙岚为皇上查出石碑是伪造。

孙岚答应助皇上对付四皇爷和啸天，并推荐叮当入宫相助。啸天派秦剑杀孙岚，更藉此试探秦剑。毅力和方正执行任务时，被夏豹陷害而被困先帝皇陵。秦剑暗中放走孙岚，再扮成被高手所伤。毅力和方正引爆炸药，逃出生天。

孙岚为了国家大义，答应叮当假意休妻。秦剑告知叮当秦父也是锦衣卫，却突然被处死，故接近啸天查真相。四皇爷邀天狼法师参与推翻皇上的计划，天狼答应。孙岚怀疑叮当与秦剑戏假情真，叮当喝闷酒时，秦剑向叮当表白。

秦剑借醉向叮当表白，叮当表示有些事不能回头。天狼指灾祸频生因皇上而起，只要皇上下诏罪己，退位让贤，便可平息民怨。太后向皇上坦言其父是镇南，而先帝晓以大义，让皇上继位。四皇爷迫皇上退位，八大将军赶回宫。

秦剑、叮当偷取《永乐大典》，惜秦剑失手被擒。四皇爷和啸天向八大将军公开皇上非皇室正统的证据，不料被毅力、孙岚等破坏。啸天欲对皇上不利，幸皇上和太后是秦剑和叮当易容所扮，啸天急逃；原来一切皆是秦剑策划。

（大结局）叮当面对孙岚和秦剑，难以抉择。钱钱寻回丁松，与叮当等重聚，此时众人收到啸天的战书。啸天捉走叮当，秦剑、方正、毅力联手对付啸天，啸天被杀。孙岚自知未能保护叮当，暗中离开。多年后，叮当找回孙岚。