시리즈 첫 회. 독립적인 첩보 기관 시타델의 일급 요원인 메이슨 케인과 나디아 신은 비도덕적인 신생 연합체 맨티코어와 충돌하고, 엄청난 재앙을 겪게 된다. 8년 후, 과거의 모든 기억이 지워진 메이슨 케인은 '카일 콘로이'로 조용한 삶을 살고 있다. 그러던 어느 날, 이제 강력해져 새로운 질서를 만들려는 맨티코어를 막고자 하는 옛 동료 한 명이 그에게 도움을 요청한다.

나디아, 카일, 그리고 카터는 맨티코어에서 탈출하고 X 케이스를 지키기 위해 힘을 모으지만, 이 중 한 명의 의심이 극에 치달으면서 폭발적인 결과를 낳는다.

시즌의 화려한 마지막 편. 동료 한 명이 맨티코어에 인질로 잡힌 상황에서 카일, 나디아, 카터는 그를 구하고 핵무기를 손에 넣으려는 맨티코어의 계획을 무산시키기 위해 모든 것을 건다. 주인공들이 핵 위협에 맞서 싸우는 동안, 시타델 내부의 스파이가 드러나고, 그들이 알고 있는 모든 것이 거짓이라는 끔찍한 진실이 따른다.