Der Verdächtige Colin Kent, der Teil eines internationalen Sexhandel-Rings ist, flieht nach Kroatien. Dort übernimmt Special Agent Scott Forrester die Ermittlungen und erhält Unterstützung von dem neuen Mitglied des Fly Teams Cameron Vo. Vor Ort kommt es zu Schwierigkeiten mit der kroatischen Polizei. Special Agent OA Zidan hat damit zu kämpfen, dass der Fall für ihn persönlich ist, da er der getöteten Julia versprach, ihre entführte Freundin Sunny zu retten. Schließlich gelingt es dem Team, Kent und seinen Computer samt Beweisen zu fassen. Sie können die involvierten Personen verhaften und Sunny befreien.

Das Crossover beginnt bei "FBI" 4x01 ("Mädchenhandel") und "FBI: Most Wanted" 3x01 ("Der Mann im Hintergrund").

Ein Junge wird in Budapest entführt. Es handelt sich um den Sohn von Katya, die mit ihm aus den USA nach Ungarn geflohen ist. Eigentlich sollte sie sich mit dem Vater das Sorgerecht teilen, doch sie beschreibt ihn als gewalttätig. Das Team um Special Agent Scott Forrester ist sich nicht sicher, wem es trauen soll. Als sie dem Vater folgen, erwischen sie ihn bei der Übergabe des Sohns. Kurz darauf versucht er, erweiterten Suizid zu begehen, um zu verhindern, dass Katya ihm das Kind wegnimmt. Das Team kann ihn jedoch aufhalten und den Sohn retten. Dieser bestätigt Katyas Aussage, sodass sie eine einstweilige Verfügung erwirken kann.

Das Team um Special Agent Scott Forrester wird in die Schweiz geschickt. Dort wurde ein Transporter mit Krypto-Wallets überfallen – einer der US-amerikanischen Fahrer wurde getötet, die andere konnte fliehen. Die Wallets sollten an einen Mann namens Steve Webb ausgeliefert werden. Als Jamie Kellett einen Informanten aufsucht, wird sie angeschossen und schwer verletzt. Aufgrund seiner romantischen Beziehung zu Jamie wird der Fall für Forrester nun persönlich. Er verdächtigt, dass Webb dahintersteckt. Schließlich kann das Team jedoch durch einen versteckten Hinweis von Jamie die wahren Täter aufspüren und verhaften. Jamie übersteht die OP.

Der US-Student Drew wird verdächtigt, seinen spanischen Freund Rafael ermordet zu haben. Grund dafür ist, dass er vom Tatort zur Botschaft geflohen ist. Das Team um Special Agent Scott Forrester greift ein, doch die Zusammenarbeit mit den spanischen Behörden ist schwierig. Außerdem will Rafaels Familie den Fall schnell abwickeln, damit niemand herausfindet, dass Rafael homosexuell war. Währenddessen bringt der Botschafter Drew dazu, sich den Behörden zu stellen. Forrester bleibt hartnäckig. Zusammen mit der Polizei findet das Team den wahren Täter, der Rafael wegen seiner Sexualität erpresst hat. Drew wird freigelassen.

Die US-Unterhändlerin Bridget Rapp wird vermisst – in ihrer Pariser Wohnung findet man ihr Blut. Das Problem: Sie ist im Besitz geheimer Informationen über US-Nuklearwaffen. Doch wie sich herausstellt, hat sie den Tatort inszeniert. Während die Behörden glauben, dass sie Verrat begehen will, geht Forrester einer anderen Spur nach: Bridget war mit dem ehemaligen iranischen Unterhändler Ali zusammen. Als dieser getötet wird, befürchten Forrester und Kellet, dass Bridget Selbstmord begeht. Sie können sie in letzter Sekunde retten. Außerdem wird Forrester gezwungen, seine Nachforschungen über seine gesuchte Mutter einzustellen.

Der US-amerikanische Betreiber einer Porno-Seite Eckersley wird in Prag getötet. Doch sein Partner Dobbins ist noch auf freiem Fuß – beide wurden in den USA für ihre illegalen Aktivitäten gesucht. Schließlich findet das Team um Forrester den Flüchtigen. Dabei stoßen sie auf die mögliche Täterin: die Schwester eines der Opfer, die von Eckersley zu den Videos gezwungen wurde. Jamie hilft ihr, eckt jedoch mit Forrester an. Deshalb beschließt sie, eine Auszeit zu nehmen.

Auf einem Festival in Budapest kommt es zu einem Anschlag. Dabei wird nicht nur Special Agent Cameron Vos Freund verletzt: Auch mehrere US-Amerikaner kommen ums Leben. Forresters Team macht sich auf die Suche nach den Tätern. Eine Spur deutet darauf, dass es noch mehr Anschläge geben könnte. Nach einer weiteren Explosion kann das Team den Täter fassen und in letzter Sekunde eine Katastrophe verhindern.

In Bulgarien werden bei einem Konzert die Besucher und Musiker als Geiseln genommen. Da einige von ihnen aus den USA stammen, ist das Fly Team im Einsatz. Der Anführer der Gruppe fordert 10 Millionen Dollar in Kryptowährung. Die Situation eskaliert schnell – zusätzlich kommt es zwischen Forresters Team und den lokalen Behörden zu Streitigkeiten. Schließlich gelingt es den Agenten, sich in den Saal einzuschleusen. Special Agent Andre Raines schaltet den Anführer aus, hat jedoch danach mit seinem Gewissen zu kämpfen.

Ein Informant von Special Agent Jamie Kellet wurde in Belfast verhaftet. Liam Walsh soll mit einem Raub und Mord in Zusammenhang stehen, doch er behauptet, unschuldig zu sein. Im Austausch für Informationen über einen Waffenschmugglerring will er Jamies Hilfe. Wie sich später herausstellt, war Walsh tatsächlich unschuldig, wird jedoch für seine Zusammenarbeit mit der IRA verhaftet. Unterdessen gerät Jamie in Schwierigkeiten für ihr Verhalten bei einem vorherigen Fall in Prag.

Als der NYPD Polizist Mark Douglas in Transnistrien angegriffen wird, muss das Fly Team ihm zur Hilfe kommen. Wie sich herausstellt, ist Douglas dort auf eigene Faust hinter einem Menschenhandel-Ring her. Bei ihren eigenen Ermittlungen stößt Forresters Team auf einen korrupten Polizisten. Durch ihn können sie den Ring zerschlagen und die Opfer retten. Außerdem trifft Forrester seine Mutter.

Forresters Mutter braucht seine Hilfe, um an eine FBI-Akte zu kommen. Sie wird noch immer für ihren Verrat an die USA gesucht. Da wird das Fly Team nach Frankfurt gerufen: Dort wurde der gesuchte Kriminelle Michael Vestal aus den USA gesichtet. Er soll seinen Nachbar getötet haben. Das Problem: Er verbreitet über Social Media Verschwörungstheorien und hetzt seine Follower gegen das Team auf. Schließlich können sie Vestal jedoch finden und verhaften. Forrester entscheidet sich, seinen Vorgesetzten über die Bitte seiner Mutter in Kenntnis zu setzen.

Ein Ehepaar, das Millionen an Covid-Hilfsgeldern unterschlagen haben soll, ist von den USA nach Albanien geflohen. Bei der Frau handelt es sich um die Tochter des Mafiosi Lorik, der Forresters Team die Suche erschwert. Deshalb will Forrester die Kinder als Köder nutzen, um das Ehepaar aus der Reserve zu locken, was das Team jedoch nicht gutheißt. Schließlich fassen die Agenten den Vater, doch die Mutter ist weiter auf freiem Fuß. Außerdem kommen sich Kellett und Forrester wieder näher.

In Budapest wird ein Mann, der für die U.S. Attorney General Rebecca Blair arbeitet, von einer Unbekannten getötet. Das Team um Forrester fürchtet um die Sicherheit des Attorney Generals, doch Blair reist trotz des Risikos nach Ungarn. Kellett findet heraus, wieso: Es geht um die Auslieferung eines Whisteblowers. Dieser soll in die Erstellung einer geheimen Liste verwickelt sein, die nun den Taliban vorliegt. Unterdessen spürt Forresters Team die Unbekannte auf: Mia Sahar, deren Verlobter aufgrund der Liste getötet wurde. Auch wenn das Team nicht mit Blairs Vorgehen einverstanden ist, sorgt es für ihre Sicherheit.

Als die Schwester von Special Agent Raines im Kosovo entführt wird, setzt er alles daran, um sie zu finden. Das Team muss jedoch in Budapest bleiben, weil das FBI dort nicht tätig werden darf. Also bricht Raines auf eigene Faust auf. In Pristina erhält er Unterstützung von Detective Tolka. Zusammen können sie Raines Schwester und weitere entführte Frauen finden, sowie die Verantwortlichen verhaften lassen. Währenddessen müssen sich Forrester und Kellet mit Bürokratie herumschlagen.

Special Agent Cameron Vo trifft sich mit einem Freund, dem Ex-FBI-Agenten Thorpe. Doch dann flieht er, nachdem ein Bekannter von ihm erschossen wird. Nun wird er wegen Mordes gesucht. Er beteuert seine Unschuld und bietet Vo im Austausch für Immunität Informationen an: Er soll für den Casinobesitzer Kovacs arbeiten. Dieser ließ den Bekannten töten, da er Geld unterschlagen haben soll. Das Team kann Kovacs und seine Leute fassen. Doch wie sich herausstellt, ist Thorpe der wahre Betrüger und hat Vo nur benutzt – das Team verhaftet ihn.

Ein US-amerikanischer Winzer wird in Frankreich getötet. Als Forresters Team vor Ort eintrifft, stoßen die Agenten auf die rechtsextreme Organisation „CRAV“: Ihre Mitglieder sabotieren die Arbeit der ausländischen Winzer. Wie sich jedoch herausstellt, ist der US-amerikanische Partner des Getöteten schuldig: Er wollte diesen zwar nicht töten, aber aus dem Weg räumen, um dessen Land zu einem geringeren Preis zu erwerben.

Als ein Kreuzfahrtschiff auf der Donau überfallen wird, reist das Fly Team nach Wien. Offenbar haben die Täter nach etwas Bestimmtem gesucht. Wie sich herausstellt, befinden sich an Bord versteckte Drogen, die für ein Kartell geschmuggelt werden. Doch wer würde diese stehlen wollen? Die Spur führt zum Halbbruder des Schiffkapitäns Bauer, der den Tätern den Hinweis auf die Drogen gab, um seine hohen Schulden zu begleichen. Bei einem Treffen kommt es zu einem Schusswechsel: Der Kapitän behauptet, es sei Notwehr gewesen. Doch eine Aufzeichnung verrät, dass er mit dem Kartell zusammenarbeitet und seinen Halbbruder tötete, um die Wahrheit zu vertuschen.

Nach einem Angriff auf ein Covid-Labor in Belgien sucht das Fly Team nach einem flüchtigen Scharfschützen. Das Problem: Der Laborleiter Dr. Michaud hat aufgrund seiner starken öffentlichen Präsenz viele Feinde. Die Ermittlungen ergeben, dass die Tatwaffe auf einer Militärbasis vermisst wird - so auch Soldat und Impfgegner Patrick Jans. Forrester und Co. spüren ihn zwar auf, doch der wahre Schuldige ist Michauds Assistent Marc Claes. Bevor Keller Jans verhaften kann, nimmt er sich selbst das Leben. Unterdessen wird die Europol-Agentin Jaeger gefeuert.

Der Sohn des US-Milliardärs Gabriel Watts wird nach einer Überdosis bewusstlos in seiner Berliner Wohnung aufgefunden. Die Ermittlungen gestalten sich schwierig: Die Polizei verneint, dass es ein Problem mit der Droge Fentanyl gibt; die Familie setzt ihr eigenes Sicherheitsteam ein. Schließlich spürt das Team denjenigen auf, der Watts' Sohn mit Drogen beliefert hat - sein Securitychef. Außerdem gelingt es Europol-Agentin Jaeger, ihren Job wiederzubekommen.

In Polen wird ein Privatjet abgeschossen - darin saß US-Bürger Greg Hutchinson. Der Name erinnert Forrester an die Akte, die seine Mutter von ihm verlangt hat. Wie sich herausstellt, hätte eigentlich der russische Spion Novikoff in dem Flugzeug sitzen sollen. Entgegen der Warnungen seiner Vorgesetzten macht sich Forrester auf den Weg nach Kroatien, um Novikoff zu finden. Ihm gelingt es, ihn zu finden und sicher aus dem Land zu schaffen. Doch seine Mutter, die die beiden begleiten wollte, muss erneut untertauchen.