L'histoire se déroule cent ans après les adieux de Son Goku dans l'épisode 64 de Dragon Ball GT. Son Goku Junior, petit-fils de Pan, part à la recherche des Dragon Balls pour soigner sa grand-mère malade. Alors trouillard et manquant de courage, il va avoir affaire à son camarade d'école Pack et à sa bande dont il est le souffre-douleur et faire surgir la puissance Saiyan permettant d'assurer la relève qu'espérait Son Goku à la suite de cette aventure. À la fin du film se trouve un dialogue entre Son Goku et Son Goku Junior à la fois comique et poignant puisqu'il clôt une fois pour toutes les histoires de Son Goku. Ce dernier apparaît subitement devant son « petit-fils » comme il l'appelle, et lui explique comment fonctionne les Dragon Balls. Un plan identique apparaît comme au début de la série, un Son Goku priant devant la boule à quatre étoiles de Son Gohan. Comme à son habitude, Son Goku disparaît subitement en faisant un dernier adieu.