I anden sæson er elektriciteten kommet tilbage, men det varer ikke ved. Den lille gruppe overlevende, med Charlie Matheson i spidsen, har alle mistet familie og venner og har nu kun hinanden. De må stadig kæmpe en hård kamp for at overvinde den farlige Monroe-milits og prøve at genopbygge USA.

Im Staffelfinale gibt es einen Showdown im Turm, von dem man erfährt, dass er sehr mächtig ist. Er hat zwei mögliche Szenarien für die Menschheit offen. Entweder die Elektrizität wird wieder angeschalten oder die Welt wird in Flammen versinken. Beim Showdown rettet Miles Monroe das Leben, weil er ihm glaubt, dass er ihm nie etwas zuleide tun wollten. Nora wird angeschossen und stirbt in Miles’ Armen. Aaron aktiviert die Nanotechnologie, woraufhin es wieder Elektrizität gibt. Daraufhin erklärt Randall, dass er schon lange eine Mission verfolgt und sich Zutritt zu Level 12 verschafft hat. Somit hat nicht die ganze Welt wieder Strom, sondern nur ein Teil. Daraufhin nimmt er sich vor den Augen der anderen das Leben. Zur gleichen Zeit wird dem Präsidenten von Amerika in dessen Versteck mitgeteilt, dass Randall erfolgreich war.

לאחר שהגיעה למגדל, קבוצת המורדים החזירה את החשמל, אך הפעולה הובילה לשיגור טילים גרעיניים. כעת, המורדים צפויים להתמודד עם ההשלכות לכך, וכן עם קבוצה עויינת חדשה - "הפטריוטים".

Seis meses depois dos acontecimentos da torre, Charlie faz uma aliança inquietante com Monroe, Rachel, Miles e Aaron devem lidar com o caos da cidade de Willoughby, e Tom e Jason encontram um grupo misterioso e radical, chamando-se " The Patriots " . Quando os heróis descobrem que os Patriotas estavam por trás dos ataques nucleares e têm motivos mais escuros, decidiram derrubá-los para sempre.

La acción continua seis meses después de lo sucedido en el final de la primera temporada. Aaron no pudo detener los misiles en la Torre a tiempo, y Atlanta y Filadelfia fueron destruidas.